为了抗击北洋政府对音乐教育所采取的这种暴戾恣睢的行为，更为了维护自己一手建立起来的近代音乐教育事业，杨仲子以《质疑》为题，刊文北大“国乐改进社”之《音乐杂志》上，向军阀政府质询问难，为中国音乐教育界请命。全文从音乐的国际到国内、历史到现状、学术到政治、文化到教育等十四个方面，阐明了在中国施行音乐教育的必要性与迫切性，并敦促当局，对取消音乐教育负有解答之责，必须“将其所有正当之理由，一一公布于世”。文章言辞激烈，正气浩然，是一篇维护现代中国音乐教育生存权益的战斗檄文，体现了一个现代专业音乐教育家所应有的崇高品质与开拓精神。

　　第二年初夏，张作霖的奉系军队被蒋介石国民党军队击败，退居关外。这宣告了北洋军阀政府统治的结束。北平国立各校纷纷张罗复校事宜。北大音乐传习所及艺专音乐系也恢复了旧观。北京音乐界决定借这大好时机，合并北京地区现有的音乐教育机构改设音乐学院。杨仲子、刘天华和赵丽莲三人被推举为代表，向国民政府请愿。杨仲子参照世界各国音乐教育之先例，并斟酌国内具体情形，详尽地拟具了《请并北京大学音乐传习所、艺术专门学校音乐系、女子大学音乐专科，改设国立北平音乐学院计划书》和《拟国立北平音乐学院组织大纲草案》。在《计划书》和《草案》中，杨仲子除阐述建院理由、设备组织经费、院址等具体项目之外，还明确地提出了“介绍世界音乐及改革国乐，而养成音乐专门人才”的中西兼容的办学宗旨。学科建设则按专科和本科分设理论、钢琴、提琴、声乐、国乐五系，并设专攻高级音乐的选科与研究科等等。在这些音乐教育诸项方案中，他突出地将改进国乐、设立国乐系作为办学的重要内容。这些措施体现了他对我国传统民族音乐文化与西方音乐文化历史发展的正确认识，也同时反映了他对我国民族音乐发展的伟大构想。在此期间，他还婉拒了南京中央大学的电请，留守北平，以实现建立南北两个音乐学院的愿望。后来音乐学院虽未成立，但历史已经证明，他对于办学模式的构想是合乎我国专业音乐教育发展规律和学科建设原则的。

　　1937年卢沟桥事变发生，日本开始全面侵华。不久，北平沦陷。杨仲子的大名早已为日本侵略者当局熟知，他们多次上门劝说其出来继续办音乐教育。好言相劝被拒绝后，日本当局只好利诱，开出种种优越条件任其选择，也被其拒绝。日本侵略者当局为此恼羞成怒，竟以刺刀相逼。是做一个亡国奴、汉奸音乐家，还是做一个爱国的保持高贵民族气节的音乐家呢？杨仲子临危不惧，义无反顾地选择了后者。他一方面与日本侵略者周旋，一方面准备只身秘密出走事宜。他托人卖掉心爱的钢琴为妻子燕妮和儿子安排生活。不几日，他购置了长衫，整理了盛着石头和刻刀的小皮箱，乔装成刻字匠人，由燕妮送至天津。年过半百的杨仲子，带着一颗爱国之心，绕道香港、越南，经云南、贵州到达战时的陪都重庆，任重庆白沙国立女子师院音乐系主任兼教授。他全神贯注于音乐教育，不辞辛苦地编写教材和教学曲目。他的心中只有音乐，即使生活条件简陋、物资匮乏，也没有退缩。身穿阳丹士林的长衫大褂，和广大师生住同样的茅草房，点同样昏暗的桐油灯。

　　从北京南下，辗转漂泊大西南，杨仲子在抗日烽火的焙炼下，艺术观和人生观也逐渐发生变化。他挣脱了早年为艺术而艺术的唯美主义的影响，把目光转移到灾难之中的中国之命运。担任国立音乐院院长期间，非常重视民族音乐的学习和社会性的艺术实践活动。不但组织师生排演了曹禺的名剧《日出》，还走向社会举办音乐会，演出了《我所爱的大中华》《海韵》及应尚能作曲的《荆轲》清唱剧等具有民主爱国思想的音乐作品。在困难的境况下，整个音乐院也办得生机勃勃，有声有色。