美国中央情报局的出现，虽然在心理上给了杜鲁门总统很大的安慰——终于可以有一个能够牵制联邦调查局的机构了，但杜鲁门总统依然对联邦调查局和埃德加•胡佛充满了厌恶之情。尽管杜鲁门总统从埃德加•胡佛送来的资料里得知了联邦调查局对于美国总统有着举足轻重的作用，但既然罗斯福总统可以打造出联邦调查局这一辅政神话，那么杜鲁门相信自己同样也可以培养出中央情报局这一特工机构。于是在刻意疏远联邦调查局的同时，杜鲁门总统开始着力培养起中央情报局来。按照杜鲁门总统的构想，罗斯福总统可以一步步为联邦调查局争取到那么多的权力，那么他也同样可以让中央情报局从联邦调查局手里将这些特权一点点争回来。可是经历了两枚原子弹轰炸日本的得意之后，杜鲁门总统怎么也不会想到，随着二战结束的钟声敲响，在他获得不少美国民众支持的情况之下，那些对他执政能力持怀疑态度的政敌也冒了出来，使得本来早就想对联邦调查局说“拜拜”的杜鲁门总统在这一刻不得不迟疑起来。
　　
　　其实，杜鲁门总统的麻烦从他一上台就已经开始了，但是由于当时第二次世界大战正处在一种紧要关头，战争的硝烟多少冲淡了一些国内的政治声音。现在二战结束了，这些不同的政治声音也开始抬起头来。有人说，虽然杜鲁门总统能够很好地处理一些国家大事，但却始终无法改变他小人物骨子里的本性；还有人嘲笑他说：“尽管杜鲁门当上了美国的总统，开始了他人生的政治生涯，但是他的最终愿望和目的却是做一名密苏里州的州长。”其实，杜鲁门总统心里很清楚，这些都是自己的政敌对他采取的一种舆论上的攻击。作为当政的总统，杜鲁门总统绝不允许这种思想和舆论的泛滥。
　　
　　与大多数美国总统不同的是，杜鲁门是由于罗斯福总统的突然离世继而成为了美国总统，并没有经过激烈的竞选获得民意的支持，这一点也成为了杜鲁门总统的一块心病，总是觉得自己这个总统当得有点“名不正言不顺”。在这样一种心理的影响之下，杜鲁门总统做出了一些出人意料的举动——撤换了政府里很多的执政精英和骨干，理由只是因为他们是罗斯福总统时期的功臣，比如华莱士、麦克阿瑟将军等人。就杜鲁门总统的这一举动来看，当初他还充满鄙视地叫嚣着把联邦调查局说成是德国的秘密警察，而实际上他这种做法本质上与纳粹的排除异己的手段并没有什么两样。尽管如此，但杜鲁门总统所做的这一切，并没有从根本上解除内心的疑惑，他依然怀疑在白宫里还隐藏着一双可怕的眼睛，仿佛始终在盯着自己。这让他想到了被埃德加•胡佛派来给自己送秘密档案的联邦调查局特工，他即刻拨通了联邦调查局的电话，就像当初罗斯福总统和埃德加•胡佛的第一次“亲密接触”一样，杜鲁门总统这一次同样是绕开了司法部部长这扇“屏风”，直接召见了联邦调查局的局长埃德加•胡佛。
　　
　　而对于埃德加•胡佛来说，他一直等待的其实正是这一时刻，因为只有在这种时刻才能凸显出联邦调查局的政治作用，果然，杜鲁门总统向他招手了。其实，无论是谁坐上了美国总统的宝座，都会有异己势力的存在，这是一个无法避免的客观现实。所以，当杜鲁门总统的政敌们开始对他进行叫嚣时，埃德加•胡佛很快就从这里闻出了一丝“意”味——联邦调查局大显身手的日子将要来临了。
　　
　　果不其然，当反对杜鲁门的声音越来越多时，杜鲁门总统终于沉不住气了。在得到杜鲁门总统的“密令”之后，联邦调查局的特工以雷霆之势很快就抓获了近两百名散播对杜鲁门总统不利消息的政敌，并授意那些与他们有着同等利益关系的人收起对杜鲁门总统的谩骂。这一次行动对于胡佛来说，就像是下了一场春雨，当他把那些对杜鲁门总统进行人身攻击的主要政治敌人的名单和档案亲手交给杜鲁门总统时，杜鲁门虽然心里对联邦调查局仍然有些耿耿于怀，但他却不得不佩服胡佛的办事能力和效率，困扰自己多时的政敌干扰，在他的手里简直就像是变了个魔术一样，一转眼那些原本对自己不恭敬的政府官员从此在他面前变得温顺起来。然而，杜鲁门心底对胡佛的佩服，反倒让这位精于算计的总统的内心恐惧也在一点点加剧。
　　
　　联邦调查局和美国总统杜鲁门之间那条无法逾越的鸿沟也正是从这一刻起开始出现的，而且一经出现从此就再也无法弥补，所以在杜鲁门执政时期，联邦调查局和胡佛的日子一直都不好过。尽管在政治或是利益需求之下，胡佛表现得比杜鲁门主动大度，但在杜鲁门的心里，胡佛始终就像是一根无法拔去的“眼中钉”。可是在中央情报局的羽翼尚未丰满时，杜鲁门总统又不得不屈尊下来，与联邦调查局保持着若即若离的状态。
　　
　　第二次世界大战时期，苏联和美国本来是反法西斯同盟，是站在一条线上的，但战争结束后，两国的友好关系即刻被杜鲁门打破了，后来甚至变成了一种“冷战”状态。甚至，当时杜鲁门总统的这一撕破脸皮的做法，让在美国的共产党人士和组织受到了严重的打击和排挤。
　　
　　而埃德加•胡佛自然也十分懂得如何利用这一好时机充分表现一下自我——他不但顺着杜鲁门总统的思路对总统的决议表达出了强烈拥护的意思，而且仍然不忘用自己如簧的口舌对隐藏在国内的共产党分子的数量及规模进行了一番夸大的描述，并拿出了一些联邦调查局特工对共产党秘密调查的档案来进行佐证。在他的大肆渲染之下，共产党仿佛已经渗透到了美国大街小巷的各个角落，并正在密谋着一个更为可怕的颠覆行动。与此同时，埃德加•胡佛还拿出了几份当时向中央情报局移交资料时被他谎称已经丢失了的档案，里面所记录的全是隐藏在美国国内的关于苏联特工的一些资料。在埃德加•胡佛的鼓吹下，杜鲁门总统这一次也的确是被他忽悠住了，他不仅完全相信了胡佛，还动用自己的总统权力去游说那些国会人员，为联邦调查局专门拨了经费。
　　
　　就这样，联邦调查局不仅暂时得到了资金上的支持，也多少让联邦调查局在杜鲁门总统和国会面前找回了一点点面子。得到了国会的支持后，埃德加•胡佛不仅没有收敛，反而更加近似疯狂地吹起了“泡泡”，他运用自己手中的权力，将很多社会活动家请到了国会里接受询问，并且还拿出运用“非常手段”所捏造出来的“证据”。就这一时期而言，仅联邦调查局向国会提交的有着重大亲共倾向的社会团体的“黑名单”上，就多达数百个，在诸多“证据”面前，国会那些人竟然也相信了埃德加•胡佛吹起的一个个美丽的“泡泡”，竟然为联邦调查局拨了近两千万美元的专项经费。有了这些资金，埃德加•胡佛也并没有让国会和杜鲁门总统失望，在1951年联邦调查局发布的官方数据中显示，联邦调查局以2.9万比1的比例，在美国人民当中安插了特工。与此同时，埃德加•胡佛局长在后来提交给白宫和国会的报告中称，联邦调查局自接手这一行动以来，经过两年的残酷镇压，隐藏在国内的共产党已经从最初的七万人下降到了不足四万人。
　　
　　如此立竿见影的成效，恐怕也只有像埃德加•胡佛这样的联邦调查局局长才能够做得出来。消灭了一小半，还剩下一大半，只要威胁继续存在，联邦调查局就必须要在今后的日子里继续为国家效力。当时，杜鲁门总统一心只想铲除共产党，所以一时之间轻信了埃德加•胡佛所吹的“泡泡”。而国会却在不久之后向杜鲁门提出了警告，因为埃德加•胡佛不仅有着惊人的“吹泡泡”功夫，并且一次次向政府伸出手来要平息“泡泡”的经费时也是狮子大开口。但事情毕竟是杜鲁门总统首先倡导出来的，他也不好将埃德加•胡佛拉出来垫背，最后只得向国会承认，自己当初在处理共产党这一事情上，的确存在几分夸大的过失。然而，在之后的执政期间，杜鲁门再也没有像这次一样去相信埃德加•胡佛，也许是“一朝被蛇咬，十年怕井绳”的原因，杜鲁门在认清了埃德加•胡佛如此能“吹泡泡”的功力之后，只把他和联邦调查局当作了自己维护政权的一个工具。可是杜鲁门总统怎么也没有想到，他对埃德加•胡佛的这种怀疑之心，到后来竟然把自己逼到了一个进退两难的尴尬境地。