袁世凯到任后，首先扩编军队，由原先的4500人增加到7300人。在他的操练下，中国的军队，终于要向近代化转型了！
　　
　　（一）领导机构
　　
　　袁世凯自任督办，下设参谋、执法、督操三个营务处，以及中军、文案等官职。
　　
　　参谋营务处总办徐世昌；执法营务处总办王英楷；督操营务处总办梁华殿（后由帮办冯国璋代替）；提调陆建章；中军官张勋；文案阮忠枢、言敦源、田文烈等。
　　
　　另附设粮饷局、军械局、转运局、洋务局、军医局、教习处、侦探局（对敌时另设）等。
　　
　　此外，还设有参谋职能、电讯联系及军乐队等。
　　
　　（二）军队营制
　　
　　营制分为左冀右冀（冀相当于旅），冀设统领二人。统领下设分统一人。分统训练步、马、炮、工各营（1899年增加辎重营）。营设统带（相当于营长）一人，帮统一人。左冀步兵二营，炮兵一营；右冀步兵三营，骑兵一营，共七营。营下设队，队下设哨，哨下设棚。队设领官一人，哨设哨官一人，棚设正副头目。
　　
　　营制初具近代化特色：
　　
　　第一，虽然还沿用淮军营务处、营、队、哨、棚等旧名称，终取德国陆军制，有步、马、炮、工、辎各兵种了，一军分两冀，一冀辖两三营等；每营官兵1128人。
　　
　　第二，军队中设炮兵、骑兵、步兵、德文四所随营学堂。统称行营武备学堂，由士兵中考取。学期两年，学生毕业后，德文班派赴德国留学，其余的留下担任下级军官。袁世凯还从自己的工资中拿出三分之一（200两）作为奖学金。除此之外，还设讲武堂和学兵营。前者是培训在职的哨官，后者培训各棚正副头目与部分正兵。各学堂均聘请德国教官担任总教习。
　　
　　第三，武器全部从外国购进。炮兵装备德国克虏伯厂的五十七厘米过山炮和七生特半陆路炮；步兵装备奥国造曼利夏步枪；骑兵使用曼利夏马枪和战刀；军官一律配带六响左轮手枪和佩刀。除规定装备的武器外，士兵一律不准携带自己的私人武器。号衣鞋袜也一律着黑，不准参差不齐。服装袖口处有红色官阶号。
　　
　　第四，通过中国驻德公使，延聘了十余名德国军官充任教习，并成立专门的教习处（后改洋务局）。教习处头目巴森斯，负责全军训练与演习。其下，操场稽查施壁士和伯罗恩，礼节兼军械稽查魏贝尔，炮兵教习祁开芬，骑兵教习兼稽查曼德，德文教习慕兴礼，号兵乐队教习高士达等。
　　
　　（三）饷制
　　
　　新建陆军的饷费由户部拨给，不用像湘淮军那样自筹。士兵饷银比较丰厚。以最低的步兵为例：中选待齐之前，每日口粮钱100文。募齐开差后，口粮钱每日150文，头目200文。有能粗通文意者，口粮照头目例。到营后，正头目月饷5两5钱，副头目5两；正兵4两5钱；伙夫3两5钱；长夫3两。炮队、马队，又比步队较高。洋员13人，月支总计4000两。翻译13人，月支总计1000两。饷银定期发给，从无拖欠，还没有私自克扣等现象。除此之外，还有请假、伤病给饷和阵亡赏恤的具体办法：在营三年，因事请假，给假三个月，并发三个月本饷；积劳成病及打仗受伤者，医局诊治给药，分等优赏，仍支原饷；在营病故者，给埋葬银十两；阵亡者，赏恤二年本饷。
　　
　　嗯，袁世凯把军队搞得有些温暖的大家庭的气氛了。
　　
　　（四）不拘一格选人才
　　
　　袁世凯的小站班底主要由这么三类人才组成：
　　
　　第一，家兵家将。铁哥们儿徐世昌在北京是个坐冷板凳的翰林，从1886年中进士进入翰林院直到1897年，11年间愣是没有放差或者超擢的机会。此时正在家中为母丧丁忧，袁世凯把他临时弄来，做了参谋营务处，可拿一份高工资。表弟刘永庆，一直在朝鲜跟着表哥干了，这次做了粮饷局总办兼转运局总办。老部下吴长纯，担任新建陆军步兵右冀第二营统带。家佣儿子吴凤岭，从小与袁一块长大，袁投军时他就是跟班了，担任新建陆军马队第一营后队队官。雷震春，北洋武备学堂毕业生，在朝鲜做过袁的教习，担任新建陆军步兵右冀第三营后队队官。江朝宗，甲午战争时随袁世凯在东北转运粮饷军械，担任新建陆军参谋营务处（在徐世昌之前）及学堂监督。除此之外，还有差弁、亲兵十数人，袁世凯也各尽所能，把他们安置到了各个岗位。
　　
　　第二，北洋武备学堂学生。北洋武备学堂，乃李鸿章创办的国内规模最大的陆军武备学堂，教官全是从德国聘请，学生素质自然不低。但由于淮军老将不信邪，所以这些毕业生在淮军部队里并未受到重视与重用，相反，经常遭遇各种哂笑与轻慢。袁世凯把其中的佼佼者收拢过来，破格提拔，大胆使用。几个月不到，就抽调一百三十多名，充实到了各个岗位。后来出名的计有王士珍、段祺瑞、冯国璋、曹锟、段芝贵、张怀芝、王英楷、李纯、王占元、田文烈等等。
　　
　　第三，淮军旧将。一是袁世凯本人延纳，二是让李鸿章等大佬推荐。袁世凯延纳淮军旧将，著名的有张勋、姜桂题、倪嗣冲、王永清、龚友元、阮忠枢、言敦源、王怀庆等。
　　
　　由于将弁全部是出于淮军行伍或者北洋武备学堂，甚至袁世凯的家兵家将也与淮军血肉相联，所以有些学者把新建陆军骂作“淮军余孽”。这就有些过分了，历史学家怎么能把史学搞成骂大街呢？
　　
　　班底之外，普通兵的选拔也有了严格的格式：士兵年龄限在二十至二十五岁；力限平托一百斤以上；身限四尺八寸以上；步限每一时行二十里以外；取具邻右保结；报明家口住址；曾吸食洋烟者不收；不安分，犯有事案者不收；五官不全，手足软弱，体质多病及有目疾者不收。