明政府历来严禁对日贸易，即使在弛禁时期日本也不在开禁之列。倭寇太猖獗了，朱元璋无奈之下，甚至“以倭寇仍不稍敛足迹，又下令禁濒海民私通海外诸国”。
　　
　　但也正因为此，对日贸易的利润极为丰厚，所谓“贩日本之利，倍于吕宋”，因此许多人不顾政府的明令禁止，私下里提着脑袋血脉贲张地从事对日贸易。据《大日本史料》记载，自万历四十二年至崇祯十七年（1614~1644年）间每年在长崎登陆的中国商船数为：1621年60艘，1625年90艘，1631年80艘，1641年97艘，1643年34艘，1644年54艘，对日贸易成为屡禁不绝之事，中国商人从中获得了可观的利益。日本西部的矿山盛产银，西方人称日本是“银岛”，中国、葡萄牙、荷兰等国商人从长崎将银运往澳门再运回中国购买货物。有学者认为，“在17世纪……从日本载运出口的白银每年可达150000～187500公斤……最终还是流到中国大陆。”
　　
　　1625年，郑芝龙的生活发生了很大变化。一直提携帮助他、并被他认作义父的大海商李旦于这一年8月25日在日本平户去世了。而在台湾笨港安营筑寨的颜思齐，在这一年的9月，因为去诸罗山打猎，感染伤寒，也猝然而逝，年仅37岁。简直难以置信，在短短的时间内，与自己关系密切的这两个人竟然相继去世了，郑芝龙在悲痛之中，心头估计也难免掠过一些暗喜：李旦与颜思齐在台湾的资产，包括海上贸易所必需的船只，也由他全盘接管了过来。
　　
　　一夜暴富，必定同时潜藏着万千玄机与角斗。
　　
　　1633年9月，李旦之子李国助曾给荷兰驻台湾的长官普特曼斯写过一封信，从信中可以看出，李旦在1624年“曾主持荷兰人从佩斯卡多尔迁至福摩萨”。佩斯卡多尔指的是澎湖，而“福摩萨”则是葡萄牙语“美丽之岛”的意思。明嘉靖二十三年（1544年），葡萄牙一支殖民船队在漳州人的领航下驰往日本，途经台湾，远远望见岛上山川雄秀，草木葱茏，不由发出Formosa的感慨，后来福摩萨就成为许多外国人对台湾的称呼。另外，李国助在信中也抱怨了郑一官，说在父亲李旦死后，李家大部分财产都被那个叫郑一官的人侵吞了。（国外人对台湾的称呼）
　　
　　其实在荷兰人从澎湖迁到台湾后的第二年，郑芝龙就已经不再担任荷兰人的小翻译，而是自立山头了。他这样的人，哪里甘于永远蜷曲在别人翅膀下，俯看万众、一呼百应才真正符合他的胃口。据江日升的《台湾外纪》中记载，那时郑芝龙从福建招徕了郑兴、郑明、杨耿、陈晖、郑彩等人，将部下分为十八先锋，结为“十八芝”，而他自己的名字，也从“郑一官”正式改为“郑芝龙”。单这些部将，人手肯定不够，老家还有数千人也陆续紧随而来，除了耕耘颜思齐、李旦留下的那些田产，同时也开始着手拓垦新的荒地。此时的郑芝龙已经羽毛渐丰，他的胆量与欲望都在风浪的锤打中渐渐壮大膨胀起来，在海上也挂起大旗，建立起武装集团，将部将分为参谋、总监军、督运监守、左右谋士等官衔。