就任总统后，杜鲁门总统虽然心里对埃德加•胡佛和联邦调查局充满了抵触情绪，但也不便即刻采取什么措施，因为当时美国正处于第二次世界大战即将结束的关键时刻，而日本偷袭珍珠港的事件又成为了美国政府有史以来的第一大耻辱，尤其是对于早年曾在第一次世界大战中服过兵役的杜鲁门来说，这无异于是在打自己的耳光。而且，杜鲁门心里也十分清楚，对于像他这种因在职总统去世而接任总统的人来说，在美国人民的心里是很难在短时间内站稳脚跟的，尤其他所接替的是有着四届连任总统经历的罗斯福，这难免让他显得更加逊色一些。但历史既然是被杜鲁门掀开了新的一页，那么他就一定会好好走下去，而洗刷因被日本偷袭珍珠港所带来的耻辱，此刻自然就成为了杜鲁门取悦美国人民的最好方法。因此，当时与斯大林和丘吉尔在德国所倡导的令日本无条件投降的计划，对于杜鲁门来说简直就是一个过场，他需要的不仅仅是日本的无条件投降，而是要对日本采取什么样的报复性手段。在这种背景之下，杜鲁门只好将对埃德加•胡佛和联邦调查局的不满情绪暂时搁在一旁了，只是在1945年6月27日，将司法部部长换成了汤姆•C•克拉克。
　　
　　但令人没想到的是，杜鲁门总统的这一“暂时忽略”策略，一放就搁置了很久，真正地把埃德加•胡佛和联邦调查局束之高阁了。直到后来杜鲁门遇到了很多不利于自己执政的反对派，他才忽然之间想到了这个曾经让他厌恶的美国“秘密警察”机构。不过，杜鲁门总统对其暂时的搁置，反倒给埃德加•胡佛赢来了更多的时间，以便磨合联邦调查局与总统杜鲁门之间的关系。其中，司法部新部长汤姆•C•克拉克就成为了一个能够很好地联系胡佛与杜鲁门总统之间的最恰当的中间人。不过，如何才能够让这位一上来便开始挑刺的克拉克部长成为他与杜鲁门总统之间的传声筒呢？如果按照埃德加•胡佛以往的做事风格，摆平像汤姆•C•克拉克这样的一位司法部长，其实并不是很棘手的问题。但刚刚换了总统，在与总统未能达成某种“一致”的政治关系之前，埃德加•胡佛还是收敛了很多。
　　
　　在美国政客之间，其实就和两军对垒一样，一方采取了被动，那么另一方就自然会变得很主动，甚至是十分嚣张，尤其是像汤姆•C•克拉克这样一个既是埃德加•胡佛的顶头上司，又是总统杜鲁门政治助手的人来说。让这样一个人物，去向自己的下属做出让步的举动，简直比登天还难。但是汤姆•C•克拉克似乎忘记了，埃德加•胡佛虽然仅仅是司法部下属的联邦调查局的局长，但是他从1924年的柯立芝政府开始，已经执掌了联邦调查局二十多年，到杜鲁门总统为止一共历经了四位美国总统，尤其是上一届罗斯福总统执政的十几年间，罗斯福总统连副总统都换过，却唯独没有更换联邦调查局的局长。可以说，联邦调查局和埃德加•胡佛之所以能够生存到现在，其中必然有其存在的理由。但是，汤姆•C•克拉克仍然继续对埃德加•胡佛及其联邦调查局“鸡蛋里挑骨头”。
　　
　　而此时，埃德加•胡佛却再也无法忍受汤姆•C•克拉克了，于是他从联邦调查局里叫来了几名特工，只是简单地跟他们讲了几句话，他们即刻便明白了。对于联邦调查局的特工来说，他们只要听到埃德加•胡佛所吩咐下来的事情就已经足够了，至于为了完成任务而使用的手段，那是特工们经过长期训练而所特有的技能。在其他人看来，埃德加•胡佛不过只是在自己的办公室里和手下聊了几句话，但是，不久后的司法部部长却完全转变了自己的态度。
　　
　　汤姆•C•克拉克部长在一次回家的途中，突然一只手雷朝着他的汽车前窗投掷过来，手雷最后打破玻璃，克拉克即刻报了警。当他收拾心情回到家的时候，发现有几名特工模样的人在他家院子里转来转去，好像是在寻找什么，克拉克立刻又紧张了起来。不过很快，克拉克便又恢复了心态，因为眼前的这几名特工在一开始见到克拉克部长后，便表明了他们的身份——联邦调查局特工。于是，他即刻以部长的身份命令这些特工回去。然而，这几名特工好像没有听到他的命令似的，竟依然做着他们的工作，仿佛他这个司法部部长不存在似的，在这一刻，他几乎愤怒到了极点。但就在这时，从克拉克家的车库里传来了“轰”的一声巨响，克拉克刹那间被震惊了，竟然有人在司法部部长家安装了定时炸弹。但这还没有结束，在司法部部长克拉克家的客厅、卧室里，联邦调查局的特工在这位部长的亲眼目睹之下排查出了三个定时炸弹，并且还从克拉克家的电话里找到一款最新式的仅限于军方和特工所使用的窃听器。那么，究竟什么人会对一名司法部部长下如此重手呢？
　　
　　经过联邦调查局特工的调查，事情依然没有一个确定的结果，埃德加•胡佛在一份关于此事的调查报告中，只附了根据调查所掌握到的资料所做出的判断：第一，有可能是法西斯或共产党分子所搞出来的破坏性恐怖事件。但此时问题又出现了，为什么恐怖分子会单单选中克拉克做目标呢？第二，是美国国内政治敌对势力为了监听汤姆•C•克拉克，换句话讲，就是以监视杜鲁门总统的一举一动为由而安装的窃听器。但新问题同样又出来了，如果是针对杜鲁门总统的，那么为什么不直接去找总统本人或是其他内阁重要成员，毕竟司法部在内阁中仅仅排在第七位？虽然所有的疑问最终都成了一个谜，但克拉克部长从此却不再去挑联邦调查局和埃德加•胡佛的刺了。因为此次如果不是调查局的特工出面，克拉克可能早已化为了灰烬，所以每天上下班，汤姆•C•克拉克部长几乎都要从调查局里找两名特工为他做保镖。
　　
　　虽然这一小把戏已经让胡佛在司法部部长那里转为了上风，但克拉克却因为害怕自己再卷入什么政治风波当中被当作了炮灰，所以坚持予以否决来作这个中间人。
　　
　　可以说，埃德加•胡佛的良苦用心再次化为了泡影，但杜鲁门总统安插在司法部里的这根刺从此起不到什么作用了。事实上，起初的一段时间里克拉克的确是被死亡所带来的阴影给镇住了，但随着他在司法部的时间一长，他才终于明白了一切——埃德加•胡佛不仅在司法部里有着几乎是说一不二的地位，并且他为各个政治层面的人物似乎都有着某种特殊的关系。埃德加•胡佛的这种盘根错杂的社会关系不仅让这位司法部部长退却了，并且逐渐成为了埃德加•胡佛的一个“帮手”，以致于杜鲁门在第二个总统任期一开始，就把克拉克从司法部部长的位子上推了下去，并换成了霍华德•麦格拉思。不过令杜鲁门总统恼怒的是，这位司法部部长做了不到一年的时间，就成为了埃德加•胡佛的代言人，于是他再次换了新部长——詹姆斯•P•麦格雷纳里。然而，这位新部长同样也没有逃脱出当初和麦格拉斯一样的命运。
　　
　　在杜鲁门总统忙于战事期间，联邦调查局除了在克拉克担任司法部部长时有了一次出场机会，大多数情况下都被杜鲁门政府给束之高阁了。事实上，联邦调查局在杜鲁门总统上台的1945年4月到第二次世界大战的最终结束均是美国政坛的一个摆设，因为这近半年的时间里，联邦调查局的特工不仅没有受到来自任何一方的制约或求助，同时也没有接到司法部或是白宫对他们下达的命令和任务。对此，埃德加•胡佛心里很清楚，不管身为联邦调查局局长的他根基如何深，只要杜鲁门总统一声令下，他依然要从这个权力场上灰溜溜地退下来。