对于联邦调查局来说，罗斯福总统在佐治亚州的温泉镇突发脑溢血而死的消息无异于一个晴天霹雳。因为无论是对埃德加•胡佛本人来说，还是对于整个联邦调查局的快速发展来讲，罗斯福总统都是一个十分重要的人物。可以说，如果没有富兰克林•德拉诺•罗斯福，就不会有联邦调查局的今天。于是1945年4月12日——罗斯福总统与世长辞的日子，成为了埃德加•胡佛和联邦调查局发展历史中一个值得记住的日子。按照美国宪法的规定，副总统哈里•S•杜鲁门顺势继承，成为了美国新一届的总统，而随着杜鲁门担任总统之位，联邦调查局也步入了“寒冬”时期。
　　
　　在此后的许多个日子里，埃德加•胡佛对联邦调查局的前途和自己的政治命运十分担忧。其实，这并不是没有道理的，斯福政府时期，埃德加•胡佛对于他的上司——司法部部长的命令，从来都不会当回事，甚至他还可以通过与罗斯福总统的关系而左右司法部部长的人选，而联邦调查局的特工在他长期的管理之下，只听命于他一个人。从这一点来看，联邦调查局的特工除了他们的局长埃德加•胡佛之外，几乎是没有人能够左右得了。但这所有的一切，随着杜鲁门的宣誓就职，已然成为过去。