从西奥多•罗斯福总统最初成立调查局的理由来看，联邦调查局本来是以调查和侦测为主要目的出现的，但到后来的数届总统执政期间，联邦调查局多是以一种维护联邦法纪的形象出现的，比如对因“禁酒令”修正案所给美国社会带来的次生危害的制止，以及打击黑社会组织犯罪的行动。实际上，这一时期的联邦调查局的身份已经出现了一些偏差，成为美国各州警察局的一个辅助工具。虽然有过一次对“红色恐怖”事件的行动，但却以倍受争议和指责的结局收场，这让联邦调查始终是以一种略显尴尬的从属身份出场，比如1932年林白之子绑架案刚刚发生时，联邦调查局介入时的身份就是以辅助地方州警破案为出发点。后来在民众的呼声之下，新上台的富兰克林•德拉诺•罗斯福总统为确保自己的新政顺利进行，从联邦调查局的改制入手，给予了联邦调查局一个明确的身份，这才致使林白之子绑架案最终得以水落石出大白于天下，但此时依然没有改变联邦调查局以侦破案件为主的职能。而自从埃德加•胡佛局长在借联邦调查局为罗斯福开展一场反法西斯和共产党分子任务后，联邦调查局基本上才算是恢复到了当初西奥多•罗斯福总统成立这一小型侦测机构时的目的，那些特工们才真正发挥了间谍与反间谍的特长。
　　
　　从这个意义上讲，联邦调查局可以说是在富兰克林•德拉诺•罗斯福总统手里得到了实至名归。如果不是罗斯福总统越过司法部长卡明斯与联邦调查局局长来了一次“亲密接触”，胡佛也不会借机向罗斯福总统索要钱权；而如果不是罗斯福总统对胡佛的一再纵容，联邦调查局也不会在局长胡佛的手里一点点偏离它原本运行的轨道。尤其是后来又遇到了即将展开的第二次世界大战，让联邦调查局突然之间来了个一百八十度的大转身，从一个以维护美国法律和国家安全的正面形象的化身，瞬间成为了一只隐形的“魔鬼”。但这种身份上的突然转变，不仅让胡佛在联邦调查局里确立了他无法动摇的地位，同时也让联邦调查局几乎成为了美国总统的私有侦探所和胡佛为所欲为的权力场。而这一切，还要从富兰克林•德拉诺•罗斯福总统的第二个总统任期时说起。
　　
　　富兰克林•德拉诺•罗斯福在总统竞选中获胜得到连任后，第二次世界大战还未曾爆发，但罗斯福总统的战争欲望却在这时已经显露无遗，他不断地扩充美国的军事力量，不仅将海军部长更换成了自己的亲信弗兰克•诺克斯，还把陆军部长也换成了共和党的亨利•史汀生。同时，还在参加一次新大桥的落成典礼上，罗斯福用自己独特的思维方式清晰地向美国人民透露出了这样一种理念：从德国希特勒扩张领土的驱势来看，第二次世界战很快就会打响，而为了让美国避免受到战争所带来的灾难性影响，最好的办法就是先下手为强——主动发动战争。罗斯福总理还说服国会废除了禁运条款，并开始向英国提供武器。但罗斯福的这一行为很快就遭到了很多保守派的反对，而与罗斯福有着不同立场的政治家们更是找到了可以攻击他的理由。随着反对的声音越来越高，罗斯福不得不在表面上做出了妥协。因为在他谋求第三个美国总统的任期时，发现了自己的支持率在民意调查中竟然低到了5%，但表面上做出妥协并不等于是自己就此屈服了，在一切为政治服务的前提下罗斯福总统再一次召见了联邦调查局的胡佛局长，并且以维护“国家安全”为由，顶着巨大的压力解禁了1940年出台的禁止窃听的法律，从此赋予了联邦调查局特工一项特殊的权力：只要是联邦调查局所调查的事情关乎到了国家的安全，那么他们就有权在尊重法律的前提下对犯罪嫌疑人进行窃听。
　　
　　在罗斯福这一冠冕堂皇的理由支持下，埃德加•胡佛为自己今后的所有行动都找到了一个“法律”上的依据，即联邦调查局的特工在采取窃听行动中，只是有针对性地对所需要的部分采取“非常手段”。罗斯福总统为联邦调查局谋求到这一特权的目的，就是对隐藏在国内的共产党和法西斯分子予以严厉的打击。同时，对那些不提倡美国主动发起战争的反对派人物进行跟踪调查。
　　
　　在接受到这项属于国家机密的任务之后，可以说，埃德加•胡佛和他所领导的联邦调查局在很多事情上的所作所为根本就不用去通知其上司——司法部部长罗伯特•H•杰克逊。至此开始，在埃德加•胡佛的领导之下，联邦调查局似乎从此只是名义上挂在了司法部的旗下，实际上却只接受美国总统富兰克林•德拉诺•罗斯福一个人的调遣。当时的司法部部长罗伯特•H•杰克逊也没有办法，只有听之任之，因为很快，胡佛便遵从总统的指令，为保护“国家安全利益”做出了一件令人不得不服的大事。
　　
　　当年，纳粹为了对付美国，专门培训了很多曾经在美国生活过的德国人，这也就是德国间谍机构精心策划的所谓“帕斯特里欧斯行动”，目的是为了在美国制造一系列的恐怖事件，给美国政府造成一定的打击和干扰。经过培训后，德国军方分为两个小组用U型潜艇将八名特工送到了美国佛罗里达的海滩上。而第二组的四个人运气差了些，当他们秘密登陆后，却即刻被一名警察发现了。虽然这四名德国特工谎称他们是当地的渔民，但他们闪烁的目光却并没有骗过这名警察，只是考虑到自己只有一个人，所以当时他不动声色，等把他们放走，这名警察便马上将这一情况上报给了当地的海警办公室。海警办公室立刻出动，虽然没能及时将这四名可疑分子抓获，但这件事却引起了海警们的高度注意——不仅加强了海上的安全防护，而且很快将事情上报给了美国联邦调查局。
　　
　　可以说，联邦调查局的介入，几乎让整个美国的州警都提高了警惕。在美国各地警方都高度紧张的防备之下，这八名德国特工一时间无从下手，而且每天他们都生活在极度的恐慌之中。一天，其中一名叫达斯奇的德国特工害怕了，他特意跑到佛罗里达州的一个警察局前去自首，没想到当地警方却以为这个人神经出了问题，把他赶了出来。但达斯奇并没有死心，直接就跑到了美国司法部，将自己的任务全盘告诉了联邦调查局的特工。这一情况立刻引起了胡佛的高度重视，他立刻根据达斯奇的交待派出大量特工，几乎封锁了整个佛罗里达州的各个交通要道，终于在不久之后，将其余的七名德国特工全部抓住了。
　　
　　而罗斯福总统得知情况后，心里很是震惊，但同时也对胡佛的才干大加赞赏。他专门成立了一个特别军事法庭，由联邦调查局亲自出面对这八名德国间谍进行审讯。当时，罗斯福总统的这一举动马上得到了很多人的大力反对，事情还闹到了联邦最高法院，但最后依然没有凑效，因为在战争一触即发的情况之下，总统的任何决定都是无可厚非的。的确，罗斯福总统的做法本是没有错的，但这个临时性的军事法庭交给联邦调查局去审理就显得有些失误了——因为联邦调查局的特工们“反间谍”的高能力，很快便让这八名德国特工一五一十地招供了。如此一来，罗斯福总统在以后的执政期间，几乎把胡佛和联邦调查局当成了自己藏在袖管里的一支秘密武器，不仅越来越信任他们，也更加纵容他们。尤其是当联邦调查局的某些行为遭遇到外界的指责后，罗斯福总统不但没有责怪胡佛，反而采取了一种听之任之的态度。可以说，罗斯福总统的这一做法，不但等于是宽容了胡佛，而且也从很大程度上让他在后来变得越来越无法无天，甚至还有一些行为牵涉到了罗斯福总统的个人隐私。这一点，其实也让罗斯福总统在后来感觉十分无奈，然而一切都已经为时已晚。
　　
　　事情再回到对富兰克林•德拉诺•罗斯福总统的政治敌人身上，联邦调查局的特工们很快就用他们猎鹰般的目光瞄准了联邦最高法院的大法官威廉•弗朗西斯•墨菲。起因说起来十分滑稽可笑，只是因为墨菲无论去哪里，手里总是喜欢擒着看似是装小提琴用的箱子，可是又从来没人见他打开过这个箱子。埃德加•胡佛便叮嘱下属一定要盯住这个大法官，因为他那只箱子里可能会隐藏着什么秘密。没几天的功夫，联邦调查局的特工们便找到了一个机会，在墨菲大法官参加一个华盛顿酒店的午餐会时，特工趁对方去卫生间时，打开了他放在门边上的那个箱子，结果却发现里面只不过是一个网球拍子而已。但埃德加•胡佛并没有轻易罢手，仍然让一名特工又跟踪了墨菲很久才罢手。后来墨菲在得知此事后，非常气愤。事实上不仅是大法官威廉•弗朗西斯•墨菲，政府里很多与罗斯福总统政见不同的官员们，也不同程度地遭遇到了与墨菲相似的境遇。
　　
　　虽然联邦调查局的这一行为激怒了很多人，但他们却敢怒不敢言。因为埃德加•胡佛派出的特工不但一直在跟踪他们，还掌握了他们很多的个人隐私，而且，这些隐私都被埃德加•胡佛分门别类地“珍藏”在了他的秘密档案室。可以说，这些资料不仅为富兰克林•德拉诺•罗斯福蝉联四届美国总统的愿望铺平了道路，同时也为联邦调查局争取到了最大的利益。在这种互利互惠中，联邦调查局完成了它从地上到地下的华丽转身，就像美国海军的“迈阿密”号核潜艇从海平面沉入了海底一样，在这一浮一沉之间，更加具有了威胁性和攻击性。