随着改革的深入，改革与反改革的力量交锋日益激烈。从某种意义上讲，此后的改革比改革初期更为艰难。改革初期的阻力主要来自意识形态，而此时则主要来自既得利益；改革初期的措施有帕累托改进的特性，而此时国有垄断企业和政府部门已经享受改革的成果，进一步改革会损害它们的利益。推动国有垄断企业和政治体制改革，意味着政府要对自身进行改革，改革由此进入更为艰难的攻坚战，进度明显放慢。
　　
　　近年来，围绕重要行业中国有企业究竟应当“进”还是应当“退”的争论又起。有些论者提出，在这些行业中，国有经济的比重不但不应当降低，还应当提高。2003年，一种“国有经济是共产党执政的经济基础”的观点，引起相当程度的思想混乱，直到2004年中央经济工作会议上对此做出了澄清，但类似的论调在一部分人中间仍然很有市场。2004年爆发市场化改革的大方向是否正确的争论以后，社会上又出现了被媒体称为“再国有化”或“新国有化”的现象。这种回潮的趋势主要有两种表现形式：一是有些领域在已对民营企业进入发放“许可证”的情况下，又往后退缩，不让民营企业继续经营；二是一些国有独资和国有绝对控股的公司对民营中小企业展开了收购兼并，使这类企业的垄断地位进一步强化。另外，政府对企业微观经济活动的行政干预，在宏观调控的名义下有所加强。