问题是，他还没有开始干呢，政府的指责已经提前下来了：
　　
　　军机处字寄，光绪二十五年十一月二十四日奉上谕：有人奏，山东民教不和，亟应持平办理一折，所奏语多中肯。其推原民教情形，亦确切近日情事。著袁世凯 严饬各属，遇有民教之案，持平办理，不可徒恃兵力，转致民心惶惑。总之，操纵之妙在乎平时，地方官果为众情所服，遇事自不难化大为小，化有为无。其所陈慎 重兵端，整顿史治，尤为扼要之论，原折著抄给阅看，将此谕令知之。等因。钦此。
　　
　　这一切弄得袁世凯很莫名其妙。怎么12月26日接印当天（十一月二十四日）就有人奏我干得不好？
　　
　　三天之后，也就是12月29日，政府又发来密谕。曰：
　　
　　拳民聚众滋事，自无宽纵酿祸之理。惟目前办法，总以弹压解散为第一要义。如果寻击官兵，始终抗拒，不得已而示以兵威，亦应详察案情，分别办理，不可一 意剿击，致令铤而走险，激成大祸。著袁世凯相机设法，慎之又慎，……毋轻听谣传，任令营员贪功喜事，稍涉操切，倘办理不善，以致腹地骚动，惟袁世凯是问。
　　
　　这个谕旨更吓人了。
　　
　　1900年1月3日，又有御使熙麟上奏，话说得更歹毒了：自袁世凯做了山东巡抚，东省人民因该侍郎乃袁世敦之弟，人心即甚惶惑。乃该侍郎初到署任，即 有必将义和团匪类尽行剿绝之言。其所部将弁营勇，恃其声望，更是传播主剿之说，以为将在外君命有所不受，举有灭此朝食之势。于是讹言四起，人心更加惶 惑……东省全境，不属于团，则属于教，属于团，已难猝办，属于教，何计挽回？山东一省，将不复为国家有矣。
　　
　　这里需要解释几句，袁世敦，袁世凯那个同父异母的哥哥，现在山东做补用知府，前受山东巡抚毓贤指派，前往平原县镇压义和团。从地方官的角度，镇压义和 团本是保护治安、维持秩序的，在御使笔下，却能变成动乱搅拌剂，不镇压还好，一镇压全乱套。这哪是正常人的思维呢？正是由于这御使的奏折，政府再次给袁世 凯施压：“复有人奏，东省民心未定，宜徐筹开解镇抚之方，并虑及该署抚一意主剿，致滋事端等语。山东民教不和，总以弹压解散为第一要义，谅该署抚必能体察 情形，分别办理，断不至一味操切，以致激成巨祸，有负委任。”
　　
　　气死袁世凯了。1900年1月6日，在致徐世昌函中，我们可以看到他新官上任的具体情形：第一，接印之后，即开始办理匪案。先以解散晓谕为主，次再缉 其匪首，以清祸根；如其抗拒不散，再派兵弹压；倘来格斗，再相机击歼，已可谓格外慎重。第二，正派人驰往办理间，即奉廷寄抄示京官奏请，戒弟以意气用事， 徒恃兵力等语。此奏即在甘四日接印之期，似未免太早。东省事从何办起，只好暂作停顿。第三，查义和拳实系匪类，以仇教为名而阴逞不轨。初起时专掠教民，尚 有良民附和之者。近则掠及良善，绑票勒赎，专以抢掠为生计。良民有集团协捕者。现平民已知其为匪，有业者各归农田，只剩数十悍匪，随处纠合无赖少年，或百 余人或十人，任意抢掠，直掠至距省30里（计抢500余家，杀英人一名，焚教堂多处，如何得了）。地方官懔遵京官之奏，均不敢派兵剿除，胥役又不能捕，未 知闹到何时始能了事。前任一味纵容，并出示讽煽。匪民自谓奉官所允，又为法所不禁。兵吏均不敢逼前，安得不猖獗也。第四，此处公牍每日不过一百五六十件， 尚不甚忙。而前任公事积有两千五六百件，内有三四月尚未批者，又有请示正法案数起久未批者，并题本数十件未办者。此为大吏，时事可知矣。从来未闻有此懒 人，何亦升任封圻耶。第五，东省民教不和，大半由于地方官办理未能持平。前任自己怕洋人而煽动百姓与人闹事，未免太左。
　　
　　看看这信，就知道袁世凯是真想干事。问题是光想干事是不行的。
　　
　　1900年1月11日，清政府在全国范围内发布一道谕旨，命令各地督抚严饬地方官要把会同匪区别开来，不能把入会的人一概视为匪徒，此后办理案件， “只问其为匪与否，肇衅与否，不论其会不会、教不教”。这道谕旨让外国人感深疑惑，这个清政府到底是什么意思呢？什么意思我们也搞不清。老太后的心思倒是 不难猜，但是老太后自己都拿不定主意的时候，又怎么猜呢？
　　
　　1900年1月16日，在致徐世昌的另一封信中，袁世凯说：“近日匪徒日见平静，凡抢掠人者实无良民，现已窜往宣、东交界处滋扰，人数亦不甚多，两省 悍寇均在其内。然仍未用兵，只饬令严缉有案之匪首而已。请转告东省京友，弟他无所长，惟不贪赃、不枉法、不害民、不欺上四句尚可自信，到任不过十数日，何 至有许多劣迹被人一再参劾也。自必有居心倾排者在其内。如能将弟援出苦海或放归田里，讵非大幸事，又何足计较，但行其在我而已。”
　　
　　再看看这信，更知道袁世凯的苦衷了。
　　
　　单就义和团方面，如果正常情况下，从清政府的角度，光看信本身，也可断定袁世凯是对的，更是能干的。问题是，此时的清政府要的就是错，而且你越能干， 它越压你。与此同时，袁世凯的那个异母哥哥袁世敦也倒霉了。据平原县令蒋楷所撰《平原拳匪纪事》，朱红灯流窜到了平原县，当时自己和袁世敦乃是前往寻找朱 红灯执行巡抚毓贤“议抚”之议的。奈何朱红灯节节胜利正打得爽呢，直接递过来了战书。袁世敦的两哨骑兵抵挡不住（按毓贤的棍棒操法，当然抵挡不住），纷纷 倒下，气得袁世敦血性发作，大叫：“今日不活矣！捕一土匪，而挫辱至此，复何面目见人乎？”众人感奋，适有援队前来，两队合击，又把朱红灯打了个稀里哗 啦。结果呢，袁世敦被劾“纵勇扰民”，革职。袁世凯在致徐世昌的这封信中，也替哥哥喊冤了。说匪先将官兵打败，追击二里许，伤兵三名，袁世敦才回击的，误 伤平民裴姓之人。不管怎么说，袁世敦的政治生涯从此结束，并且对自己的弟弟袁世凯也有了看法，认为他没有帮自己说话。袁世凯能说上什么话呢？