如果说在太平天国起义时期曾国藩、李鸿章、左宗棠等主要依靠军事实力确立了自己的地位，那么他们在同光新政时期则在经济、军事、政治、外交、文化各个领域中扩大了势力和影响。他们率先创办了一批近代军事工业和民用企业，开办近代学堂，建议派遣留学生，倡导学习西方科技，编练新式陆军、海军……总之，他们实际开启了中国近代化的过程，尽管步履蹒跚。
同光新政
薛福成《庸庵笔记》有一则胡林翼的故事，大意说：湘军将太平军包围在安庆时，胡林翼策马登上龙山，观察形势，高兴地说：“此处俯视安庆，如在釜底，贼虽强，不足平也。”既而驰马至长江边，忽然看见两艘洋船鼓轮西上，迅如奔马，疾如飘风，他顿时脸色大变，默然不语，勒马回营，中途呕血，几乎坠马。他本已有病，至此加重，几个月后死去。薛福成就此评论说：“盖粤贼之必灭，文忠已有成算，及见洋人之势方炽，则膏肓之症，虽欲不忧而不可得矣。”这则故事未必真实，但是胡林翼对于拥有先进装备的洋人存有忧惧心理却可以肯定。不仅胡林翼，曾国藩、李鸿章、左宗棠、丁日昌等封疆大吏，奕䜣、文祥等中央大员，也都对洋人存有忧惧心理。这种忧惧心理既可以造成崇洋媚外的民族自卑感，也可以激起民族自强的信念。这种民族自强的信念是推动清政府在19世纪60至90年代施行“同光新政”的动力之一。同光新政又称自强运动或洋务运动。称为同光新政是强调那些新政策、新措施的改革性，称为自强运动是突出它的目的，称为洋务运动是着眼于它的主要内容，各有道理。
同光新政的内容很广泛，涉及经济、军事、文化、教育、外交、官制等方面，而以经济活动为主，其启动则是从军事工业开始的，发轫者是曾国藩，李鸿章、左宗棠、丁日昌等地方督抚也积极倡导，中央则有奕䜣、文祥等主持，慈禧太后也给予很大支持。
咸丰十一年曾国藩在安庆创建军械所，成为洋务运动的开端。那时曾国藩正率湘军与太平军作战，创建军械所的目的是生产洋枪洋炮，武装湘军，镇压太平军，同时寓有求自强、御外侮的意图。他曾对幕僚们说：“欲求自强之道，总以修政事、求贤才为急务，以学作炸炮、学造轮舟等具为下手工夫。但使彼之长技我皆有之，顺则报德有其具，逆则报怨亦有其具。若在我者挟持无具，则曲固罪也，直亦罪也，怨之罪也，德之亦罪也。内地之民人人媚夷，吾固无能制之，人人仇夷，吾亦不能用之也。”魏源在第一次鸦片战争之后提出的“师夷长技以制夷”的主张到第二次鸦片战争时才变成行动，前后经过了20年。
安庆军械所起初以手工制作为主，没有近代大机器，实在说不上是近代企业，只是生产的洋枪洋炮是近代的，所以成为中国近代军事工业的发端。安庆军械所网罗了一批科学技术专家，徐寿、华衡芳、李善兰都在其中，他们是近代科技史上的顶尖人才。同治三年（1864年），徐寿利用外国图纸，试制一艘汽轮船，取名“黄鹄”。它虽是木壳的，却用蒸汽轮机，它是我国自制的第一艘近代轮船。当时军械所已移到南京，“黄鹄”轮在长江试航，曾国藩带领文武官员登轮。届时轮机开动，江浪滔滔，船上一片兴高采烈。曾国藩当时便下定决心：“以次放大，续造多只。”四年（1865年），曾国藩将安庆军械所和李鸿章创办的上海洋炮局、苏州洋炮局合并起来，又收购美国人佛尔士在上海虹口办的旗记铁厂，在虹口建起江南机器制造总局，这是一个大规模的近代化军工企业，主要机器是从美国购进的。它生产枪炮弹药，制造轮船（后改为修理）。
19世纪60年代出现的军事工业还有左宗棠创办的福州船政局、李鸿章创办的金陵机器局、崇厚创办的天津机器局。在70—80年代又出现一批近代民用企业，规模较大的有李鸿章创办的上海轮船招商局、开平矿务局、漠河金矿、上海机器织布局等。此外，设电报局、修铁路、办学堂、派留学生等新政也同时展开。大清朝出现了一番新景象。
近代军事工业和民用企业在中国大地上矗立起来，具有重大历史意义，它标志着中国近代化运动已经启动，中国人终于迈出走向世界的关键一步。
早在明末清初，传教士就给中国人带来了西方文化。明万历七年（1579年）传教士罗明坚到达澳门，学习汉语，贿赂广东地方官，得以进入肇庆，见到总督陈瑞，献上西洋制器望远镜、自鸣钟等礼物，并且把自鸣钟上的24小时改为中国的十二时辰。他向陈瑞表示他将完全与本国脱离关系，甘愿做皇帝的子民，因此得到允许居住下来，并且在广东肇庆建造起一座天主教堂。随同罗明坚到肇庆的有一个叫利玛窦的意大利籍传教士，在肇庆住了几十年，后来又在北京居住十年，在传播西方宗教的同时，也传播了西方文化，为中西文化交流做出卓越贡献。从明万历到清康熙一百多年间，不断有传教士到中国来，他们的活动虽然也遭到某些挫折，但大体是顺利的，其中的利玛窦、庞迪峨、熊三拔、龙华民、邓玉函、汤若望、罗雅谷、南怀仁、白进（晋）、张诚、巴多明等都曾受到朝廷的重用，他们之所以受到重用，是因为他们带来了比较先进的天文、历法、数学、地理、物理、医学、制造等科学技术知识。那时，一部分中国知识分子对西方文化表现出一种容纳的态度，他们虽然认为儒学在总体上是高于西学的，但也承认在“形而下”即器物方面，西方有值得学习的东西。著名学者徐光启、李之藻等，开明的康熙皇帝，都曾向传教士学习科技知识，明末清初的历法改革也主要由传教士主持。西方文化在中国传播的事实说明，中西文化之间有相通的内容。康熙晚年对传教士的活动加以限制，不是因为中国儒家文化容纳不了西方的科技文化，而是容纳不了西方的宗教。人们经常议论中国儒家文化的排他性，岂不知西方基督教文化的排他性更为厉害。康熙、雍正禁教，就是因为罗马教廷对儒家文化采取了排斥措施。康熙时，罗马教廷派使节到中国来，宣布“禁约”，规定中国教徒不得悬挂“敬天”之匾，不得祭祀孔子和祖先。这与利玛窦不同，利玛窦对儒家文化采取宽容态度，允许中国教徒保留传统信仰和习惯。康熙针对罗马教廷的禁约，下令驱逐那些坚持按禁约行事的传教士。雍正实行更加严厉的禁教政策，但也谕令“有通晓技艺愿赴京效力者（按指传教士）送京”。雍正、乾隆时，皇宫中仍有通晓技艺的传教士。但是传教士很少能在社会上活动了，中西文化的交流实际上中断了。
由于宗教和信仰的原因而中断了西方科技知识在中国的传播，是令人遗憾的，它使中国失去了一次重要的历史机遇。但是仔细分析起来，这种中断也有某种历史的必然性。传教士主要目的是宣播宗教而不是传播科学技术知识，传播科学技术知识只是宣播宗教的一个辅助性手段，他们很少考虑中国需要哪些知识而有针对性地输入，所考虑的是如何炫奇，以便吸引信徒。他们所传播的科学技术知识对于以自给自足自然经济为基础的中华帝国来说，并不都是必需的，因此很容易就中断了，而必不可少的科学技术知识的传播是不会中断的，如西方的天文历法，就被采用了，并沿用下去。
19世纪60—70年代西方文化的输入在路径和方式上都不同了，它先从物质层面文化开始，以兴办近代军工企业和民用企业的实体为发端，为西方近代科技文化的传播奠定了物质基础。文化，广义的文化，分为物质层面文化、制度层面文化和观念层面文化，这三个层面的文化表现为动态的统一：文化的变化通常是从物质层面文化开始，依次引起制度层面文化、观念层面文化的变化，但总体上三者是互相适应的，形成一个整合体。洋务运动正是在不自觉中按照这样一个规律在引进西方文化。它因为军事上的迫切需要而创办近代军工企业，近代军工企业需要大量的煤、铁、钢材和电力等，这就不能不发展近代民用企业；而这些近代企业需要大量近代科技人才，于是便翻译西书、办学堂和派留学生。西学及西方科技文化从物质层面的输入开始逐步进入到制度层面，乃至引起更深层的价值观念和民族心理的变化。
现代学者对于洋务运动有许多批评，说它企图用西方资本主义的点滴之水浇灌枯萎的封建主义之木，说封建官僚如何控制洋务企业，说洋务企业内部如何腐败，等等，这些批评都是正确的。但是，如果宏观地考察一下，在封建经济土壤之上矗立起几座近代化的大工厂，这毕竟是破天荒的，无论怎样估计它的意义也不过分。
办工厂，兴学堂，修铁路，派遣留学生，学习西方文化，这一切在当时都是新鲜事物，赞成的人少，反对的人多。洋务运动每前进一步都引起新旧两派激烈的斗争，从这个意义上说，洋务运动也具有近代思想启蒙的作用。
洋务派和顽固派的第一次交锋是围绕设立同文馆开始的。京师同文馆创办于同治元年，是为了培养懂外语、通洋务的人才，设置的课程主要有外语，后来增添格致（自然科学）。清廷规定学员从士子和五品以下官员中选拔。大学士倭仁等对此非常不满，于是引起一场争论。第二次争论是因为清政府在同治十三年（1874年）决定筹设海防引起的，并牵连到是否应该采用机器生产。第三次争论从80年代开始，围绕兴修铁路展开，在光绪十五年（1889年）达到高潮。除了这三次大争论以外，还不断有小规模的争论，以至于李鸿章慨叹：“三十年来日在谣诼之中。”
每次争论都有一个具体的主题，但每一次都并非就事论事地争论，而是涉及到某些传统观念和价值取向，如“夷夏之辨”、“道器之辨”、“本末之辨”、“义利之辨”等。
夷夏之辨这个古老的命题，在近代已成为守旧派用来拒斥外来文化的口头禅。在创办同文馆时，就有人贴出这样一副对联：“鬼计本多端，使小朝廷设同文之馆；军机无远略，诱佳子弟拜异类为师。”不分析设立同文馆具体的利弊得失，仅从“拜异类为师”这一点就完全否定设立同文馆的必要性。大学士倭仁坚决反对同文馆招收科甲正途出身的学员，说：“夷人吾仇也。咸丰十年称兵犯顺，凭陵我畿甸，震惊我宗社，焚毁我园囿，戕害我臣民，此我朝二百年未有之辱，学士大夫无不痛心疾首，饮恨至今……复举聪明隽秀国家所培养而储以有用者，变而从夷，正气为之不伸，邪气因之而弥炽，数年以后，不尽驱中国之众咸归于夷不止。”词气激愤，内心却很恐慌，担心学习外国将导致“咸归于夷不止”。这事实上是因为被第二次鸦片战争吓破了胆，丧失了民族自信心，害怕和外国人接触，便紧紧抓住“夷夏之防”这个传统观念不放，幻想仍然在一个与世隔绝的环境中生存。
洋务派主张学习西方的理由是西方的科学技术比较先进，顽固派则针锋相对，极力贬低西方科技，说它远不如中国古代科技先进，因而无须学习“西夷”。在围绕同文馆的争论中，倭仁反对任用西洋人教授自然科学，说：“天下之大，不患无才，如以天文、算学必须讲习，博采旁求，必有精其术者，何必夷人，何必师事夷人！”候选直隶州杨廷熙则具体说明中国古代科技“幽深精妙”，非西方所及，他写道：“中国自羲轩尧舜禹汤文武周公孔孟以及先儒曩哲，或仰观俯察，开天明道，或继承缵述，继天立极，使一元之理，二五之精，三极之道，旁通四达，体之为天人性命参赞化育之经，用之为帝典王谟圣功贤学之准，广大悉备，幽明可通。所以历代之言天文者中国为精，言数学者中国为最，言方技者中国为备。如浑天仪、《乾凿度》、《太元》、《洞极》、《潜虚》、《星纪》、《九章》、《三率》、《周髀》、《皇极》诸书，相继而起，恐西学、轮船、机器，未必有如此幽深微妙矣！又况中国为人材渊薮，数理载国朝精蕴，二百余年，时宪无失闰之讥，天象无昏迷之诮。是此时之天文、算数较历代为尤精也。”接着他“理直气壮”地诘问：“夫以中国之大，养士之久，岂无一二知天文、明数学之士，足以驾西人而上之者哉？”经过第二次鸦片战争，以洋船洋炮洋枪为代表的西方科技远胜中国的事实，可以说是有目共睹的，可是这位对中国古代科技颇有研究的杨廷熙却视而不见，他未经研究就推测说“恐西学……未必有如此幽深微妙矣”，他的这种态度源出于“内夏外夷”的传统心理。
也有的守旧分子承认西方科技比中国先进，却仍然反对学习西方，他们的理由是：“所可恃者，中国数千年礼义廉耻之维，列祖列宗之教泽在，人耻为夷人之心犹十居八九耳。今以重洋人机器之故，不能不以是为学问，为人才，无论教必不力，学必不精，窃恐天下皆将谓国家以礼义廉耻为无用，以洋学为难能，而人心因之解体。其从而习之者必皆无耻之人，洋器虽精，谁与国家共缓急哉！”这里说出了“夷夏之防”的深层道理：如果学习西方科技，就会看重西学和西学人才，结果必然动摇中国传统文化及其价值观，从而使封建统治失去“所可恃者”。“夷夏之防”的观念之所以不可破坏，根本原因就在于守旧派认为它能维护大清朝依照老样子统治下去，而破坏了这个观念就可能动摇大清朝统治。
洋务派的看法和守旧派不同，他们虽然也要维护大清朝的统治，但认为形势变化了，不能照老样子维持统治了，必须向外国学习，有所更张才行。李鸿章指出：“合地球东西南朔九万里之遥，胥聚中国，此千余年一大变局也……居今日而曰‘攘夷’，曰‘驱逐出境’，固虚妄之论。即欲保和局，守疆土，亦非无具而能保守之也。”面对陌生而强大的敌人，空谈是无济于事的，必须有具体方策，而这个具体方策不能从中国传统文化中寻求，因为古老的药方并不总是有效的。李鸿章说：“外患之乘，变幻如此，而我犹欲以成法制之，譬如医者疗疾，不拘何症，概投其以古方，诚未见效也。”古老的药方不见效，必须从洋人那里讨药方。他在一封信中说：“今日喜谈洋务，乃圣之时。人人怕谈厌谈，事至非张皇即卤莽，鲜不误国。公等可不喜谈，鄙人若不喜谈，天下赖何术以支持耶？”他颇为自诩，认为确实找到了一个比较好的自强的药方。
奕䜣的言论更激烈尖锐一些。他批驳“师夷为耻”的谬论说：“夫天下之大耻，莫耻于不若人。”连小国日本都知道发愤向西方学习，“独中国狃于因循积习，不思振作，耻孰甚焉！今不以不如人为耻，而独以学其人为耻，将安于不如而终不学，遂可雪其耻乎？”洋务派不以“师夷为耻”，而以“不如人为耻”，这是思想观念的一大进步。在奕䜣等人看来，中国除了学习西方之外，已没有别的路可走。他们在一道奏折中说：如果倭仁等认为学习西方多有窒碍，而另有“良图”、“妙策”，可以制外国而不为外国所制，自当追随该大学士之后，如别无良策，“仅以忠信为甲胄，礼义为干橹等词，谓可折冲樽俎，足以制敌之命，臣等实未敢信”。在奕䜣等的逼问下，倭仁只好认输，他无可奈何地承认他没有什么好办法，他也不知道国内有谁精通天文、算学，不敢妄行保荐，他声明先前的反对意见“已无足论”。
道器之辨。“道”和“器”是中国古代哲学的一对范畴，“道”是指无形的法则或规律，“器”是指有形的事物或名物制度。《易?系辞上》说：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”关于道和器的关系，古代哲学家们有不同的解释，大多认为道是根本的，器从属于道，所谓“道本器末”。步入近代，西方的器物文化首先涌来，船炮之利，工艺之精，令人咋舌。但守旧派却看不起它。倭仁说：“立国之道尚礼义不尚权谋，根本之图在人心不在技艺。”方浚颐说：“三千年以来，帝王代嬗，治乱循环，惟以德服人者始能混一区宇，奠安黎庶。虽武乡侯之木牛流马，亦仅能行于蜀汉鼎足三分。而所谓天赐勇智、表正万邦者，要不在区区器械。”这是从传统的“道本器末”的观念出发所得出的结论：能够起到维系人心作用的孔孟之道是根本，而技艺、器械，无论多么精妙，也是无关紧要的。
洋务派恰恰看重西方的器物文化。李鸿章还在和太平军激烈交战的时候就说：“洋务最难着手，终无办法。惟望速平贼氛，讲求洋器。”他对于守旧派坚持“道本器末”的观念很不以为然，说：“天地万物万事皆有制造之法之意，何可藐视？”在兴办洋务的实践中，他痛感中国缺乏近代科技人才，因此大力提倡学习科技、从事科技事业。他在《筹议天津机器片》中曾表示希望“内地员匠学其器而精通其意”，认为这是“经久之道”。他还希望士大夫们能够改变轻视器物的传统观念，献身科技，说：“士大夫留心经世者，皆当以此为身心性命之学，庶几学者众而有一二杰出，足以强国而赡军。”要士大夫们将科学技术作为“身心性命之学”，这是一个深刻的观念转变。在曾国藩和李鸿章等的倡导下，清政府在70年代首次向美国派遣了一批留学生，“学习军政、船政、步算、制造诸学”，其中有些学生归国后终生从事科技或实业，詹天佑就是他们中的佼佼者。但派人出国留学，毕竟人数太少，大量的科技人才还要依靠国内培养，因此李鸿章建议改革科举，另设“洋学局”，分为格致、测算、舆图、火轮、机器、兵法、炮法、化学、电气等数门，如果学有成效，“则与正途出身无异”。这是要从制度上来提高科技人员的地位，它在不自觉中在文化观念上把“器”提到与“道”同样的地位了。但是设洋学局的建议遭到守旧派的激烈抨击，有人说：“以章句取士，正崇重尧舜周孔之道，欲人诵经史明大义，以敦君臣父子之伦也。人若不明大义，虽机警多智，可以富国强兵，或恐不利社稷。”坚守道本器末的立场，决不允许尧舜周孔之道的崇高地位受到任何挑战。
其实洋务派虽然提高了器物文化的地位，却并不认为它可以和孔孟之道“平起平坐”，他们的原则是“取西人器数之学，以卫吾尧舜禹汤文武周孔之道”。即以器卫道，器是用，道是本。它的另一个说法就是“中学为体，西学为用”。
本末之辨。“本”和“末”一对范畴在中国古代文化中具有多种含义，这里只讨论它所规范的农商关系。中国封建社会的一贯政策是“重农抑商”，传统观念是“崇本抑末”，即以农为本，以工商为末。在守旧派和洋务派的争论中，守旧派坚持“崇本抑末”，反对发展近代工商业。翰林院编修丁立钧说：“古来圣君贤相讲富强之道者，率皆重农抑商，不务尽山泽之利，盖所称为极治者，亦曰上下相安，家给人足，足以备豫不虞而已。”完全是小农经济基础上产生的封闭观念。王文韶则说：“四民之中，农居大半，男耕女织，各职其业，治安之本，不外乎此。若概以机器行之，彼兼并之家，富连阡陌，用力少而工程多，诚美利也。此外别无恒产，全赖雇值以自赡者，往往十居八九。机器渐行，则失业者渐众，胥天下为游民，其害不胜言矣！推之工匠，亦莫不然。”他担心大工业生产将破坏小农经济结构，造成社会动荡，从而破坏了他理想的中世纪的田园风光。但是中国已被迫卷入资本主义化的进程中，它是不依人的意志为转移的，从西方引进的近代工业在中国小农经济的土壤之上终于建立起来了。洋务派的“求富”、“保商”、“兴工”思想，便反映了这种客观要求和历史进程，传统的“崇本抑末”的观念也就被代之以“工商皆本”、“工商为先”等新观念。
义利之辨。儒家文化的价值取向是重义轻利，所谓“君子喻于义，小人喻于利”。守旧派牢牢记住这个古老的训诫，他们对于洋务派求利求富、发展工商的主张深恶痛绝，以至李鸿章抱怨说：“然欲自强必先理财，而议者辄指为言利。”守旧派反对求利求富，是因为担心这一导向会造成严重的社会后果。张自牧说：“中国谋生之术，如农夫、女红、百工，其为道也甚迂，而收利也甚薄。后王之治天下，使民终岁勤勤，而仅能温饱其身，故曰‘民生在勤，勤则不匮’；又曰‘民劳则思，思则善心生’。所谓家给人足者，诚欲其勤而得之，非欲其佚而致之也。今举耕、织、煤、铁之事，皆以机器代人力，是率天下之民习为骄惰，而坐拥厚赀，其有不日趋于淫侈者乎？”这等于说贫穷、勤劳是和高尚道德相联系的，而求利、富裕是和道德堕落连为一体的。这完全是一种偏见。守旧派实质上是要人民永远过着一种仅得温饱的日子，迫使他们终年勤苦劳动，无暇他顾，以便于统治。守旧派更反对让士子们求利求富。张盛藻针对同文馆计划招收正途出身的学员，批评说：“朝廷命官必用科甲正途者，为其读孔孟之书，学尧舜之道……若令正途科甲人员习其机巧之事，又借升途、银两以诱之，是重名利而轻气节，无气节安望其有事功哉！”给从事科学技术的人员以合理的名誉、地位和物质利益，这是应该的，也是必要的，这并不一定就使人无气节，相反读孔孟之书的也并不一定就有气节，科甲正途者，大多数也都是为了求名求利，只是他们嘴上不说，而一味标榜仁义罢了。
儒家重义轻利的说教是导致中国工商业不发达的原因之一，而工商业不发达是造成中国贫弱的重要原因之一，对此，洋务派是最先认识到的，因此他们大肆鼓吹求富求利。“先富而后能强，尤必富在民生”（李鸿章语），“国家与人民，交相维系，并心壹力，以利为程”（郭嵩焘语），这些是他们共同的信条，是他们孜孜以求的目的，清朝统治当局事实上也接受了这种观点。在80年代围绕兴修铁路的争论中，起初倡办者的理由是在军事方面，而张之洞别开生面，从兴利求富的角度发表宏论，他说：“今日铁路之用，尤以开通土货为急。盖论中外通商以后之时局，中国民生之丰歉，商务之息耗，专视乎土货出产之多少，与夫土货出口较洋货进口之多少以为断。近数年来，洋货洋药进口价值每岁多于土货出口价值者，约二千万两，若再听其耗漏，以后断不可支。现在洋货洋药之来源无可杜遏，惟有设法多出土货多销土货以救之……中国物产之盛，甲于五洲，然腹地奥区，工艰运贵，其生不蕃，其流不广。且土货率皆质粗价廉，非多无利，非速不多，非用机器、化学不能变粗贱为精良，化无用为有用。苟有铁路，则机器可入，笨货可出，本轻费省，土货旺销，则可大减出口厘税以鼓舞之。于是山乡边郡之产，悉可致诸江岸海壖而流行于九洲四瀛之外。销路畅则利商，制造繁则利工，山农、泽农之种植，牧竖、女红之所成，皆可行远，得价则利农。内开未尽之地宝，外收已亏之利权，是铁路之利首在利民。民之利既见，而国之利因之，利国之大端则征兵转饷是矣……故利国之与利民实相表里。”兴修铁路有如此巨大的经济利益，哪里还管它是否震动地下的列祖列宗呢！张之洞的意见被采纳了，兴修铁路成为清朝的国策。
在洋务运动时期，洋务派和守旧派的论争是西方器物文化和中国传统文化碰撞的结果，由于它已涉及中国文化中几个重要的传统观念，所以争论是很激烈的。守旧派对洋务派的攻击，给洋务运动造成一定阻力，但是每一次论争的结果都是以守旧派失败告终，因为他们所依恃的几个传统观念是无法阻挡历史潮流的。
当然，洋务运动也有很大的消极作用，它在使中国经济和世界经济的联系日益密切的同时，也使中国经济日益依赖列强，从而加深了中国半殖民地化的程度。提倡洋务运动的督抚们，曾国藩、李鸿章、左宗棠、丁日昌、刘铭传、张之洞等，个个都有些买办气，有的有严重的媚外思想，对于同光时期的对外政策有重要影响，造成很大危害。
总理衙门和南北洋大臣
咸丰十年（1860年）《北京条约》签订后，留守京城的恭亲王奕䜣、大学士桂良、户部左侍郎文祥三人多次就当时的局势进行商讨，在取得一致意见之后，十二月初一（1861年1月11日）联衔上了一道《章程六条折》。这道奏折在晚清外交史上占有重要地位，它奠定了此后半个世纪清政府对外政策的基本方针和体制。
奏折分析当时的形势，指出：“臣等就今日之势论之，发捻交乘，心腹之害也；俄国攘地相接，有蚕食上国之志，肘腋之忧也；英国志在通商，暴虐无人理，不为限制则无以为自立，肢体之患也。故灭发捻为先，治俄次之，治英又次之。惟有隐消其鸷疾之气，而未遽张以挞伐之威。倘天心悔祸，贼匪渐平，则以皇上圣明，臣等竭其颛蒙之力，必能有所补救。若就目前之计，按照条约，不使稍有侵越，外敦信睦，而隐示羁糜。数年间，即系偶有要求，尚不遽为大害。”为了有效地执行“外敦信睦，而隐示羁糜”的外交方针，他们建议在中央设立一个新机构——总理各国事务衙门，专门处理外交事务，同时又建议设置南北口岸通商大臣负责管理开放口岸的涉外事务。
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