在国会中，有3个调查委员会与胡佛通力合作，共同应对共产主义威胁。众议院反美活动调查委员会四处搜捕好莱坞的左翼分子，对同情共产党的神职人员提出指控。参议院内部安全小组委员会竭力追查苏联在联合国开展的阴谋以及大学教师中同情共产主义的人士。参议院永久调查小组委员会刚刚选出一位新任主席，他就是来自威斯康星州的共和党参议员约瑟夫•麦卡锡。
　　
　　在过去的3年中，麦卡锡对美国共产党发动了猛烈的攻击。1950年，他肆意歪曲联邦调查局一份已经错误的报告，悍然指出众议院潜伏着数百名共产党员，从此一炮走红。麦卡锡表示，他并没有掌握这些人员的详细名单，而只有不同时期共产党人数的大致变化。麦卡锡的声名和权力显然离不开联邦调查局与国会的联络员为他提供的报告。麦卡锡和众议院永久调查小组委员会共产主义威胁首席调查员、联邦调查局前任特工唐•苏赖恩阅读了联邦调查局有关共产主义威胁的大量报告。作为回报，苏赖恩需要定期向胡佛报告麦卡锡的工作进展。
　　
　　就像国会中的其他同僚那样，这位参议员也经常在公开场合或者私下对胡佛表示忠心不二。“人们没有必要为您树立丰碑，”麦卡锡在写给胡佛的信中恭维道，“您的丰碑就是联邦调查局，而联邦调查局就是胡佛。我认为，只要情况没有改变，我们就可以高枕无忧。”
　　
　　1953年春，随着罗森伯格夫妇刑期的不断临近，美国政界似乎已经为参议员麦卡锡残酷无情的反共运动做好了准备。宣布将这两名原子弹间谍判处死刑的法官认为，他们的罪行“比谋杀更严重”。他的调门与时代旋律不谋而合。这名法官宣称，朱利叶思•罗森伯格将原子弹送入斯大林之手，从而“导致中国军队进入朝鲜以及5万余人丧生。因为你的叛变，数百万无辜的人民为此付出了代价”。1953年6月19日，两名间谍被处以极刑。就连胡佛本人也怀疑，将埃塞尔•罗森伯格处死在政治上是否属于明智之举，但联邦调查局无疑促成了这起案件。