度过了舒尔哈齐分裂的危机，努尔哈赤又开始处置自己的女婿布占泰。

布占泰是乌喇部的贝勒，哥哥满泰是部落首长。万历二十一年，布占泰带着乌喇的人马，跟随叶赫部落一起讨伐努尔哈赤。结果大败，布占泰被俘，被带到努尔哈赤的面前，叩头请降。努尔哈赤把他留在身边，养育三年。随后派人护送布占泰返回乌喇，此时布占泰的哥哥满泰已经死了，努尔哈赤帮助布占泰肃清了对手，成为乌喇部的首领。

布占泰把自己的妹妹嫁给了舒尔哈齐，又把哥哥满泰的女儿嫁给了努尔哈赤，努尔哈赤先后把舒尔哈齐的两个女儿嫁给布占泰。两下里的姻亲关系十分紧密，互相算是对方的女婿。这中间，布占泰反反复复，多次背弃盟约，双方磨擦不断。到了万历三十六年，双方再一次和好，努尔哈赤把自己的女儿嫁给布占泰。

努尔哈赤对弟弟舒尔哈齐不放心，一个可能的原因是担心他与布占泰联合，那样的话对努尔哈赤会构成根本的威胁。舒尔哈齐死后，唇亡齿寒，布占泰一定感觉到危机在向自己走来。万历四十年，布占泰再一次背盟，而且用鸣镝射击努尔哈赤的女儿。

消息传来，努尔哈赤大怒，亲自率兵，大败布占泰。到了年底，布占泰把努尔哈赤的女儿和侄女关押起来，努尔哈赤再一次出征，彻底灭掉乌喇，布占泰一个人逃往叶赫，最终死在那里。

努尔哈赤对待兄弟舒尔哈齐的手段实在算不上光明正大，他也因此与自己的大儿子褚英生出矛盾。

褚英一向英勇善战，屡立战功，被封为广略贝勒。按照《清史稿》的说法，努尔哈赤最初很重视这个大儿子，许多政事都交给他处理，但褚英在处理各种关系的时候，做得并不好，兄弟们和大臣们都怨气冲天，从此清太祖渐渐疏远褚英。

褚英不开心，要拯救自己，制作表章，焚烧告祭天地，表白自己。这种巫祝的手段犯了大忌，褚英因此获罪，被关押起来。在明代人的记录当中，褚英得罪父亲的原因并不是巫祝，而是他与父亲在对待叔叔舒尔哈齐和大明王朝的态度上有着根本的分歧，他劝说父亲不要伤害叔叔，不要背叛明政权，因此失去努儿哈赤的信任。

舒尔哈齐死后两年，禇英被幽禁起来。又过了两年，褚英死在幽居之所，当时只有三十六岁。他的儿子当中，杜度和尼堪比较有名。

清太祖努尔哈赤一共十六个儿子，比较重要的有大儿子褚英、二儿子代善、五儿子莽古尔泰、八儿子皇太极、十儿子德格类、十二子阿济格、十四子多尔衮、十五子多铎。其中，褚英和代善、莽古尔泰和德格类、阿济格和多尔衮、多铎是同胞兄弟。

天命十一年七月，清太祖努尔哈赤患病，前往清河汤泉治疗。八月，病势转重，乘船赶回盛京，最终死在爱鸡堡，终年六十八岁。

努尔哈赤临终之前并没有指定继承者，众人推举皇太极，他再三推辞，九月在沈阳即位，时年三十五岁，改明年为天聪元年。

皇太极出生在明万历二十年十月，当初清太祖给他命名，手边也没有什么书籍，只是随便叫他皇太极。后来得到一些汉文、蒙古文的书籍，才知道在汉人的书籍当中，国家储君称为“皇太子”，蒙古文中则称为“黄台吉”，都与皇太极的名字相近似，一般人因些认为，皇太极继承大位，是天意。