和新教相反，天主教从一开始就对太平天国和上帝教不抱好感。

　　最早谈到上帝教和太平天国的天主教传教士，是法国遣使会江西主教田嘉璧（L.G.Delaplace），1852年10月6日他致信里昂和巴黎布道会理事，谈及太平军从湖南向湖北、江南进军，并叙述了上帝教传闻，此时太平军尚未抵达南京，这位天主教传教士的叙述，比同期新教传教士冷静得多。

　　1853年1月、6月，天主教方济各会湖广教区主教、意大利人里佐拉蒂（Rizzolati）和天主教南京教区主教赵方济（F.X.Maresca，法国人）相继发表了谴责太平天国宗教的文章；1854年，随布尔布隆使团访问天京的法国耶稣会传教士葛必达（Staislas Clavelin）成为第一个抵达太平天国管区的法国传教士，此后几年间，他和另一个法国传教士、天主教江西、浙江主教当尼库尔（E.Danicourt）成为谴责太平天国宗教最力的外国宗教人士。

　　天主教和法国人之所以态度迥异，一方面据说是因为天主教堂普遍有耶稣像、圣母像，被深受新教清教徒思潮影响的太平军当作“偶像崇拜”扫除，一些教堂、教徒也受牵连，另一方面，天主教和新教在中国为争夺信徒明争暗斗，认定上帝教是“新教产物”的天主教会，不免“恨屋及乌”，当尼库尔就曾讽刺太平天国是“新教胡作非为所产的畸形儿”。

　　由于欧美政府对太平天国兴趣降低，加上清方加紧封锁，自1854至1858年，没有一名传教士能进入太平天国境内。不过一些传教士仍然通过间接渠道，成为太平天国信息的传递者。

　　1860年，随着太平军占领苏南，和传教士集中的上海接壤，加上“基督徒”洪仁玕的掌权，外国传教士再度鼓起对太平天国的兴趣，并有更多机会直接接触上帝教。1860年6月，南部浸会的美国传教士高第丕（T.P.Crawford）、花兰芷（J.L.Hoimes）、赫威尔（J.B.Hartwell）等成为后期第一批抵达太平天国境内（苏州）的外国传教士，得到李秀成部的热情接待，留下“良好印象”；几天后，和洪仁玕有私交的艾约瑟、杨笃信、英国圣公会安立甘会牧师包尔腾（J.S.Burdon）、英国美以美会牧师伊诺森（John Innocent）、法国新教巴黎福音会牧师劳（Oscar Rau）抵达苏州，会晤了李秀成，一方面对在太平天国境内传教充满信心，另一方面对上帝教的奇怪教义不乏微词。当时这几位教士一致认为，上帝教“主流是基督教的”，一些错误是教义不清所致，只要加以正确引导即可大功告成，而洪仁玕将帮助他们实现这一点。

　　8月，在洪仁玕邀请下，艾约瑟等人再访苏州，进行了“推心置腹”的谈话，谈话中洪仁玕重申自己的基督教信仰，并口头邀请“更多传教士前来”。这让传教士们信心大增，他们带回的信息促使伦敦布道会发布单页，表示对太平天国“再度产生乐观期待”，除长老会外所有英国教会更联合致函外交部，要求继续严守中立，不帮助清朝攻打太平军……

　　然而这种“郎情妾意”很快急转直下。

　　1861年3月21日，艾约瑟第三次访问太平天国，按照洪仁玕的邀请去天京传教，并打算建立教堂，结果发现所谓教堂根本无影无踪，洪仁玕的邀请口惠而实不至，他本人更已成为一个多妻的上帝教信徒。艾约瑟和太平天国要员就洪秀全是否上帝次子、天父能否下凡在杨秀清身上和三位一体究竟是否存在等宗教要义展开激烈争论，最终，他直接上书洪秀全，递交了《上帝有形为喻无形乃实论》的文章，直接挑战上帝教核心教义，结果洪秀全将原文大加删改，连标题都改为《上帝圣颜惟神子得见论》，两人不欢而散。

　　“感情破裂”的高潮，是罗孝全的来和去。

　　1860年9月24日，罗孝全抵达苏州，10月23日抵天京，并很快成为唯一在天京见过洪秀全的外国人，被封为“通事官领袖”和接天义，踌躇满志，打算在天京接收“18座大宅”开办教堂，大办传教事业。

　　但他很快发现，自己的教堂梦破灭了：一方面，洪秀全似乎压根就没真打算放外国人进来传教，所谓“18座大宅”，大约只能理解为“下次来玩”之类中国式客套；另一方面，那些原本划给他的教堂用宅，很快就变成了一座座官宅，因为洪秀全封的官越来越多，越来越大，官邸都不够用，遑论教堂。

　　紧接着，他发现洪秀全的上帝教跟基督教实在不是一回事。的确，两者都有上帝和耶稣，可洪秀全的上帝有许多老婆和儿女，耶稣也是儿女成堆妻妾成群，洪秀全不仅是地上的王，而且是天上的上帝亲子、耶稣亲弟，受天妈天嫂的照顾；洪秀全的上帝允许官员娶很多妻子，不承认基督教圣父、圣子、圣灵的“三位一体”，认为圣灵不过是天上的风，在地上归死去的杨秀清管，而杨秀清是耶稣和洪秀全的亲弟弟；洪秀全的上帝还有个了不起的孙子——洪天贵福，他不仅是洪秀全的儿子，还被过继给耶稣，因此成了耶稣和洪秀全的双料继承人。

　　他觉得这简直是荒谬绝伦，就上书请求洪秀全多读圣经，结果令他更加惊讶：洪秀全居然把圣经改了个乱七八糟，里面所有有利于证明洪秀全的话都给大字加黑加粗，甚至把所有提到太阳的地方都标明“太阳就是天王”，说旧约里的犹太王麦基洗德就是洪秀全的化身。碰上无法自圆其说的，就干脆注明“圣经有错记”——既然只有我洪秀全活着见过上帝，那么你们就照我记录的上帝最新指示去做也就是了。

　　他想的是改造洪秀全，但洪秀全想的，却是改造他，让他为自己的上帝教背书，这让他十分苦闷。更要命的是他和洪仁玕不合，两人最终发生激烈冲突，1862年1月20日，即天历辛酉十一年十二月初十，洪秀全的生日，罗孝全逃出天京，登上下关江面上的英国军舰“深淘”号，离开太平天国。

　　此后罗孝全仿佛换了一个人，用非常恶毒的语言咒骂洪秀全，说他妄自尊大，亵渎上帝，说太平天国政务紊乱，不成体统，说上帝教根本就是异端邪说。

　　罗孝全曾是洪秀全的老师，是上帝教和太平天国在基督教世界最热心的辩护者，他的反戈一击在基督教世界产生极大震撼，此后除了始终坚信上帝教就是基督教的英国传教士卢卫廉（William Lobschied），和虽然对上帝教的“异端色彩”不满、却认为“至少比满清的偶像崇拜好得多”的杨笃信外，西方传教士不论任何教派，都对上帝教几无一句褒词了。甚至早年曾赞扬过太平军的花兰芷、唯一在太平天国出版过署名作品的麦都思，也概莫能外。

　　外国传教士所希望的，是借助上帝教和太平天国，打开一直打不开的中国传教局面，将四万万中国人基督教化；而洪秀全所寄往于“洋兄弟”的，则是让他们为自己的“神话”背书。可想而知，当洪秀全一心盼着艾约瑟、罗孝全等人证明自己是上帝次子、“天生真主”，自己的儿子洪天贵福是耶稣养子和直系合法继承人，“代代幼主”都是天赋王权之际，却看到实际上否认上帝会生孩子的《上帝有形为喻无形乃实论》之际，或当艾约瑟、罗孝全们精神抖擞准备修正杨秀清、萧朝贵“天父天兄附体谬论”，却看到洪秀全振振有词拿着杨、萧的梦话证明自己的神圣之时，彼此的情绪，该发生怎样的变化。

　　不仅如此，罗孝全和艾约瑟们认识的洪秀全、洪仁玕，是当学生、平民时的洪秀全、洪仁玕，洪秀全、洪仁玕所牵挂的罗孝全、艾约瑟，是自己传播、学习基督教义时，给予热心帮助的“洋先生”，但时过境迁，洪秀全、洪仁玕不再是一心学教、传教的学生，而是借教义立国开疆的帝王将相，“洋先生”看到的也不再是“有些瑕疵的基督教徒”，而是两个似是而非的异端疯子。

　　这实际上也正是外国传教士和太平天国间因缘的注解：因误会而互相怀恋倾慕，因了解而彼此恩断义绝。