长达一千里的河套平原，黄河河谷消失，水流平缓。日军第一军进驻渡口后，东渡受阻，乃改道向北，由河套地区渡河进入内蒙古大沙漠，再转东进。
　　
　　日军鉴于兵力很难于千里荒原上长期设防堵渡，决定采用细菌战，使整个河套地区变成一条“死亡带”，以收战略防堵共军及抗日部队的东渡之目的。
　　
　　从1941年起，日军连续在河套两岸东起河曲，西至磴口的13县进行大量以鼠疫为主的细菌散布，造成该地区大面积疾情，二百多万人在黑死病下挣扎。随后疫情又向东南人口稠密的地区扩散，1942年仅山西、绥远边区染病人数达到一千二百万人。
　　
　　杭锦后旗的老百姓深受其害，给生命财产造成了惨重的损失
　　
　　这次鼠疫，发展迅速，惨烈异常。最早报告鼠疫源是杨家河西沙圪堵，很快蔓延到三道桥梅林庙，现在的杭锦后旗原种场。
　　
　　1942年1月15日，本地居民边九斤四口人吐血半小时死亡；还有一家老小七口，也是吐血不到半个小时，全部死亡，全家人烧埋在一起，人们叫“七坟疙梁”，现在，地方犹在，已经没有后人。
　　
　　自卫军一个叫段四的排长到平成乡找李板头和任二小，李板头和任二小突然吐血死亡。段四请来神汉曹有子跳大神治疗，正在焚香念咒时神汉曹有子吐血死亡，段四也随后死亡。
　　
　　参加掩埋段四的自卫军骑兵二团三连乔班长，也于三日后吐血死亡。
　　
　　鼠疫如此猖獗，人心惶惶，村民四散逃逸，扩大了疫情。
　　
　　大树湾乡的王麻子吐血暴死，妻儿和女婿和亲属拉尸体掩埋，不料当场死亡。因此，以后死人无人敢掩埋。
　　
　　野战补充团团长沈雁书电文，可以看出鼠疫的严重：“鼠疫蔓延甚于洪水猛兽，如不迅速扑灭，贻害人类至深且巨。鼠疫已波及职团防地。。。。。”
　　
　　因当时未封锁疫区，疫病很快传至五原中元乡，以至临河城郊和陕坝市郊。当时因条件所限，未能作细菌检查，但根据病情及传播之迅速，已确定为肺鼠疫无疑。部队接到了张军医佐的来信，傅作义将军非常重视，召开紧急军政会议，成立防疫指挥部，采取严密有效措施，“见路就堵，见村就封。”疫区人员不准出村，发现逃离者就地正法。这样，坚持约七十余日。
　　
　　这样烈性传染病，陕坝仅死亡居民六十余人，数十万驻军除牺牲一名军医外，全部安然无恙。正是那位大公无私及时将自己隔离起来的张军医佐两日后病故，不幸以身殉职。
　　
　　卫生条件差，是造成疫情蔓延的又一个原因。疫区大约十二万人，只有不满十人的乌盟卫生第六防疫大队。
　　
　　这次鼠疫从最早记载1942年1月15日算起，到疫情基本控制的3月19日，蔓延到了整个内蒙古西部地区。
　　
　　有记载的死亡586人，没有记载，自己掩埋的不计其数；鸡犬猪狗猫几乎是死绝。
　　
　　据历史资料记载：1941年12月27日和1942年1月17日，日军两次各出的汽车二百余辆，向磴口以西驻防骑七师进犯，所到之处，烧杀抢掠。撤退后，在水井里，草滩上投了毒，放了老鼠。【刘文忠编辑整理】