建国以后，陈寅恪到广州中山大学执教。在这期间，发生过一个他为任职中科院历史所长而向毛泽东与刘少奇开列条件的故事，折射出一代文化宗师的耿耿傲骨。
　　
　　1953年，中共中央决定设立历史研究委员会，毛泽东亲自指定陈伯达担任主任。历史委员会于当年创办学术刊物《历史研究》。郭沫若亲自在创刊号上撰文指出：“学习应用马列主义的立场、观点和方法，认真地研究中国的历史。”
　　
　　历史委员会还决定成立由三个所组成的历史研究所，在这份初步拟定的名单中，出现了郭沫若、陈寅恪、范文澜三个人的名字，委员会初步决定此三人分别出任一所(上古史研究所)、二所(中古史研究所)及三所(近代史研究所)所长。
　　
　　这是“政府希望陈先生北返”的信息。如何让远在广州的陈寅恪接受任命，成了一个问题。北大历史系副教授汪篯被委以劝陈寅恪北返的任务，他曾是陈寅恪的学生和助手。
　　
　　汪篯于1950年2月在北大加入中国共产党，第二年他成为北京马克思列宁学院(中央党校前身)的带职学员，接受马列主义教育。1953年11月，尚未从马列学院毕业的汪篯，带着中国科学院院长郭沫若和副院长李四光的两封信，南下广州，拜见老师陈寅恪。
　　
　　1953年11月21日晚，他将两封信交给了陈寅恪。次日晨陈寅恪便作出由妻子唐筼执笔的答复。他提出就任所长的两个条件，第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。”第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”并说：“其意是，毛公是政治上的最高当局，刘公是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。”
　　
　　他的回函，我们现在可以估计，当时的中科院决策者断然不敢把这样的信呈给毛泽东或者刘少奇，而是压下了事，另寻人选了。
　　
　　陈寅恪的回函没有了下文，他自然也就没有就任，仍任教于中山大学。
　　
　　当时，在全国学术界盛传陈寅恪拒绝学习马列思想。关于这种说法，陈寅恪的夫人曾经专门澄清过。
　　
　　唐筼说：陈寅恪最不愿意看到别人写文章时时提到马列主义，一看头就痛，但他在上课及平时决无讽刺现在政府等情事。
　　
　　陈寅恪自己也曾经对科学院答复：“我的思想，我的主张完全见于我所写的王国维纪念碑中。王国维死后，学生刘节等请我撰文纪念。当时正值国民党统一时，立碑时间有年月可查。在当时，清华校长是罗家伦，是二陈（CC）派去的，众所周知。我当时是清华研究院导师，认为王国维是近世学术界最主要的人物，故撰文来昭示天下后世研究学问的人，特别是研究史学的人。我认为研究学术，最主要的是要具有自由的意志和独立的精神。所以我说士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏。俗谛在当时即指三民主义而言。必须脱掉俗谛之桎梏，真理才能发挥，受俗谛之桎梏，没有自由思想，没有独立精神，即不能发扬真理，即不能研究学术。学说有无错误，这是可以商量的，我对于王国维即是如此。王国维的学说中，也有错的，如关于蒙古史上的一些问题，我认为就可以商量。我的学说也有错误，也可以商量，个人之间的争吵，不必芥蒂。我写王国维诗，中间骂了梁任公，给梁任公看，梁任公只笑了笑，不以为芥蒂。我对胡适也骂过。但对于独立精神，自由思想，我认为是最重要的，所以我说“、惟此独立之精神，自由之思想，历千万祀，与天壤而同久，共三光而永光。我认为王国维之死，不关与罗振玉之恩怨，不关满清之灭亡，其一死乃以见其独立自由之意志。独立精神和自由意志是必须争的，且须以生死力争。正如词文所示，思想而不自由，毋宁死耳。斯古今仁圣所同殉之精义，夫岂庸鄙之敢望。一切都是小事，惟此是大事。碑文中所持之宗旨，至今并未改易。
　　
　　陈寅恪再三申明：我决不反对现在政权，在宣统三年时就在瑞士读过资本论原文。但我认为不能先存马列主义的见解，再研究学术。我要请的人，要带的徒弟都要有自由思想、独立精神。不是这样，即不是我的学生。
　　
　　因此，我提出第一条：允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。其意就在不要有桎梏，不要先有马列主义的见解，再研究学术，也不要学政治。不止我一人要如此，我要全部的人都如此。我从来不谈政治，与政治决无连涉，和任何党派没有关系。怎样调查也只是这样。
　　
　　因此我又提出第二条：请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。其意是毛公是政治上的最高当局，刘少奇是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样的看法，应从我说。否则，就谈不到学术研究。
　　
　　至如实际情形，则一动不如一静，我提出的条件，科学院接受行也不好，不接受也不好。两难。我在广州很安静，做我的研究工作，无此两难。去北京则有此两难。动也有困难。我自己身体不好，患高血压，太太又病，心脏扩大，昨天还吐血。
　　
　　这就是陈寅恪当时对于科学院欲聘请他担任历史研究所所长的答复，在那个年代的中国，在那个一切讲究马列主义，把马列主义奉为神明的时代，他这样的答复和神明，在中国恐怕只有他一个。
　　
　　但是，这就是精神独立的陈寅恪。幸运的是，那个时候还没有开始文革，共产党刚刚得天下，还没有文革时期的万马齐喑，政治上还是开明的，他并没有因此获罪。