战争后邦联政府的出现无疑是美国历史上一个重要事件，它为国家的管理提供了一种向心力、凝聚力，为邦联制的诞生奠定了坚实基础，尤其是在解决西北土地问题上，邦联政府运用自身的优势和权利，妥善地处理了西北土地问题。不过，在政治、经济、外交等方面，政府也面临着极大的挑战。
　　
　　邦联政府是根据联邦条例的颁布组成的一个全新的中央政府，拥有行政、立法和司法的直接管辖权，它由各州各派代表组成，代表人数仅在2到7人之间，实行一票表决权。邦联国会还拥有跨职能地位，承担着对外交流、财政管理、处理军事问题的任务，例如建立军队，加强军队组织和装备，处理各项外交事务。在财政方面，主要负责向各州要求财务摊派等等。
　　
　　然而实际上，邦联政府不过是一个行使着行政职能的单位，根本没有任何立法权利，仅仅在司法上拥有仲裁权，用以调解舒缓各个州之间的纷争。在这方面，邦联政府存在极大的局限性，而处理事务时繁琐的手续也直接导致其办事效率日益降低，权威地位也随之逐步减弱。
　　
　　由于邦联政府权力受限大，又加之各州拥有的权力过多，这就造成了一种尴尬的局面，国会虽然统一管理各个州，但实质上各个州都相当于一个独立的国家。
　　
　　1776年11月5日，大陆会议批准了《邦联条例》，其实早在同年6月，为了加强各个殖民地的反英同盟，维护美军的实力，第二届大陆会议就任命约翰•迪金森为首的一个委员会起草《邦联和永久联合条例》，于11月交由各州进行审查讨论。但因为西北土地问题尚存在争端，各州迟迟未达成意见统一，直到四年之后，马里兰州才批准了该条例，《邦联和永久联合条例》正式登上台面，执行其职能。
　　
　　邦联政府面临的困难还不止如此。在独立战争期间，邦联政府大量欠下内债和外债，这些债务是当时为了扩充军备而借下的。再加上英国、西班牙屡次挑衅，内外矛盾交错复杂，使得邦联政府的压力倍增。
　　
　　1784年初，美国国债总额已经超过了3900万美元，外债就占了790万美元，邦联政府每年的收入微薄，根本无法承担日益增加的巨额债务。纸币贬值的消息更令邦联政府感到无措。美国市场上当时流通西班牙银元、法郎和英镑，独立战争后又有大批外国货物席卷美国，价值大约在370万英镑左右，而美国输出的物品仅为75万英镑。1785年至1786年的经济萧条状态便是在此情况下产生的。
　　
　　此时，财政部部长罗伯特•莫里斯开始实行货币紧缩，吸引外来资金。莫里斯秉持着恢复国家信誉的决心，希望通过这一切手段恢复美国经济，但是由于没有得到各个洲的支持，方案虽然完善，却得不到执行。其实，这也跟罗伯特•莫里斯提出不符合实情的一揽子经济计划有关，例如他要求每个州在25年内拨出适当的款项偿还国债；并通过减裁开支，征收直接税等来增加邦联政府的收入。最后，罗伯特•莫里斯在1783年被迫辞去财务部长一职。
　　
　　大陆会议在1775年6月至1779年12月发行过42批纸币，由于物资与硬币的流通不平衡，无法保证其中的流通关系，纸币于1777年开始贬值，并且持续走下坡路。到了1780年3月，1元大陆币已经发展到只能兑换2.45美分，大陆券与硬币的比值变成40：1，市场支付开始全部转移到硬币。
　　
　　邦联政府一方面必须承担起经济上的挫折，另一方面在对外贸易上也遭到英国、西班牙的联合抵制。1783年开始，英国枢密院新颁布的系列航海条例对美国非常不利，这些条例苛刻地限制了美国的对外输出，直接打击了美国的对外贸易发展。
　　
　　除此之外，英军还盘踞在西部边境，通过垄断边境皮毛贸易的方式，封锁美国商人的利益来源。法国在战后甚至解除了对美的一切支援。西班牙的做法与英国类似，除了封闭美国西部农产品的输出口岸，还企图肢解美国领土，煽动美国西部居民进行反动革命。年轻的邦联政府就在这样的环境下艰难地成长着。
　　
　　1785年夏天，西班牙派迭戈•德•加多基出使美国，在与美国外交部部长谈判边疆和密西西比河航运等关键问题时，西班牙表示绝对不给美国密西西比河的航运权。同年，邦联政府还派遣亚当•斯密前往英国行使外交职责，希望能与英国签订商业协议，解决债务问题以及边疆问题，结果，英国拒绝了美国的所有要求，并宣布若美国不偿还完债务，就长期占据边疆，不会撤出军队。邦联政府所面临的种种难题虽然成为外交谈判的重点，但由于美国与其他国家无法达成共识，时间一拖再拖，最终还是无果而终。